水样采集与保存，是指农田生态系统中的水样一般有雨水、灌溉水、径流水和土壤渗漏水等，应根据研究的要求按规定进行采样与保存。雨水的采集可从气象站量雨筒中取样，或用容器放置于露天，待降雨时接收水样；灌溉水的采集宜在灌水沟渠中进行，或在水库、山塘、河流、水井等水源处取样，注意不要在施过肥的稻田中取样；径流水可取自测量径流量设施的出水口；土壤渗漏水可以通过埋设地下排水管或建立排水采集器来采集。

采集水样时，采样瓶应该洗干净，使用具磨口塞的玻璃瓶或者螺口塑料瓶，当水样需要测硅时，必须采用塑料瓶。采样时先用水样洗涤样瓶2〜3次，不要完全装满样瓶，留出5〜10mL空间，以免温度升高时顶开瓶塞；采样后塞紧瓶塞避免漏水。带回实验室的水样，对于易变化的成分和性质，如铵态氮、硝态氮、亚硝态氮和pH等应尽快分析；如不能及时分析，应将样品放置于5°C以下的阴暗处保存，并根据分析的要求有选择地向样品中添加防腐剂（三氯甲烷、硫酸铜、氯化汞等）或者加人酸、碱调整pH，以抑制微生物活动。