根据上述职责，永登县水务局设6个内设机构：

（一）永登县水务局办公室

协助局领导对各股室工作进行综合协调，组织办理机关日常工作；管理局机关和下属单位的组织人事、机构编制等工作；承办水利工程专业技术职务评审工作；组织编制全县水利职工教育培训规划及年度计划；负责局系统的理论教育和普法教育工作及职工教育培训；负责局机关和局属单位老干部工作。

（二）永登县水务局计划财务股

编制全县水利中长期发展规划及年度计划；负责全县水利行业项目的计划管理和财务、会计管理，对水利资金的使用进行调节和监督检查；负责全县水利资金的审计工作；对水利系统国有资产和局属单位财务工作进行监督管理，承办水利综合统计工作、提案督查、目标管理考核。

（三）永登县水务局水政水资源股

负责全县水政监察和水行政执法工作；协调部门间的水事纠纷；组织实施取水许可制度和水资源征收工作；拟定县区河流水量分配方案并组织实施；承办全县节约用水工作，指导全县用水、节约用水和城市供水的水源规划。

（四）永登县水务局建设股

负责组织水利工程立项报告、可行性研究报告的审核申报工作；负责设计、施工管理工作；指导农村水电的建设管理工作；指导水利工程质量监督站的工作；组织开展水利工程项目安全生产大检查和专项监督工作。

（五）永登县水务局管理股

负责全县水利管理和水利改革工作，研究提出水利管理和改革方面的方针政策，负责灌区维修改造，节水灌溉、农田基本建设、中底产田改造、盐碱地治理；组织指导水利社会化服务体系建设；拟定全县水利科学技术发展规划，组织水利科学研究与技术推广工作。

（六）永登县水务局抗旱防汛办公室

拟定抗旱防汛应急方案，并负责监督实施；组织抗旱防汛检查；提出防御特大干旱和洪水灾害措施，及时提供指挥部决策，并组织应急抢险队伍，承担应急抢险任务；负责河道、洪道新建工程项目的防洪审查。