根据上述职责，区水务局设4个内设机构：

（一）办公室

协助管理局机关日常工作，综合协调机关各科室的工作关系；负责机关内部规章制度建设和重要文件、报告的起草工作；负责文秘档案、政务公开、信息宣传、保密、会议组织、信访、平安建设、普法教育、机关文明创建、联系村及联系社区、保卫等工作；负责机关房产管理、公用设施管理及维修；负责局机关、所属单位的人事管理、职称评聘、劳动工资等工作；负责局机关离退休人员工作；负责拟定全系统行业教育规划并组织实施；负责水利宣传工作；负责会议组织和公务接待工作；负责局机关后勤保障工作；负责局机关安全工作。

（二）水政水资源科（村镇供水管理办公室）

负责《水法》、《防洪法》、《水土保持法》、《长江河道采砂管理条例》等法律法规的宣传、实施及水政监察，监督检查全区水利执法工作；负责全区水资源统一管理与保护；组织实施取水许可制度和水资源费征收管理制度；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制，监测江河湖库的水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；主管全区节约用水、计划用水的水源规划；协调处理水事纠纷；负责全区水土保持工作；负责全区江河采砂监管工作。

负责全区村镇供水管理工作，开展供水项目的规划、论证，指导全区新建、改建、扩建供水项目的初步设计审查及验收工作；指导计划用水和节约用水工作，组织、指导和推动节水型社会建设。

（三）水利工程管理科

负责全区江河湖和山塘、水库等水利工程和管理和保护；对江河和水工程的防洪安全进行行业管理；负责管理全区水工程的灌溉、排水、镇街供水、人畜饮用水工作；承办水工程绿化工作；负责指导全区泵站的技术改造和综合经营工作；负责全区水资源的开发、利用以及项目设计、审查、申报工作；负责全区水利行业安全生产工作。

（四）计财基建科

组织编制全区水利部门财务预算；提出有关水利价格、收费、信贷的建议；负责贯彻实施有关水利的价格、税收、财务政策和会计法规；对全区水利资金实施监管；负责全区水费、水资源费、水土保持补偿费、江河砂管理费的征收和使用管理工作；监督管理水务系统的国有资产的保值、增值；负责全区水利经济的协调发展；负责全区水利基本建设工程财务验收组织工作；组织编制全区水利发展中长期规划、年度计划；负责承办全区水利基建工程中的计划编报。