办公室
协助局领导对各股室工作进行综合协调，组织机关日常工作；承办信息、督促检查、文秘、档案、宣传、信访及重大会议的组织，负责机关内部规章制度建设及后勤工作。
水政监察股
负责实施水政监察和水行政执法工作，承办水事纠纷调解、立案查处工作，负责各水利法规的贯彻执行工作。
农水水保股
负责全市农村水利工作。负责全市乡镇供水、农村饮水、农村节约用水、节水灌溉、井灌区建设和小型农田水利工程建设工作。负责全市的水土保持工作。组织按照《水土保持法》进行水土流失综合治理；负责全市水土流失补偿费和治理费的征收。组织协调指导全市渔业生产、技术推广等工作。
河道灌溉管理股
拟定管理和保护全市河道、水库等的规章制度、技术标准等并监督实施；负责河道工程维护管理费的征收；组织指导水库、电站等安全监督工作。负责组织协调区域外灌溉水源调度，安排区域内灌区灌溉工作，协调解决灌溉中的水事纠纷等。
