根据上述职责，市交通运输局设5个内设机构：
组织协调局机关的日常工作；起草重要报告和综合性文件，负责值班、文秘、综合调研、政务公开、政务信息、督办、机要、保密、信访、档案、接待、修史编志和机关后勤、物业管理工作；负责有关重要会议的组织工作；负责交通系统计算机网络管理、负责局机关及指导直属单位的社会治安综合治理、安全保卫、计划生育等工作。
负责局机关干部人事、劳动工资、机构编制管理等工作；按照规定管理直属单位领导干部及直属单位的人事、劳动工资、机构编制、养老保险和医疗保险、交通行业技术工种职业技能鉴定、等级考核、干部职工教育培训管理等工作；协助有关部门组织、指导专业技术职务评审和智力引进工作；指导交通系统成人教育、职业技术教育和离退休人员管理；根据国家有关政策，拟定有关行业管理措施的规范性文件，并负责组织实施；承担局机关有关规范性文件的合法性审查；负责交通法制宣传、行政复议和执法监督工作；负责管理交通行政执法、承办人大代表建议、政协委员提案；指导交通行业精神文明建设、执法队伍建设；负责公路、水路治理“三乱”工作；承办相关的行政诉讼工作。负责依法行政考核评议、行政检查方案制定和监督实施工作。
组织拟订全市公路、水路交通运输行业中长期发展规划和年度计划；负责管理公路、水路交通建设项目前期工作的审查、审批、报批和后期评估工作；负责交通行业基础设施技术改造、引资项目的管理工作；负责交通行业统计、预测和信息引导工作；承担交通扶贫有关事项；负责全市公路、水路交通基础设施建设的质量管理和安全生产监督工作；组织实施公路、水路交通运输基础设施建设行业政策和技术标准；负责管理和监督全市公路、水路建设市场，维护平等竞争秩序；负责对公路、水路交通建设工程招投标实施管理与监督；负责交通建设项目资金拨付的审查工作和项目竣工验收；协助怀化市交通运输局实施国家、省级公路（包括汽车站场）、干线航道（包括港口码头等）工程项目建设；监督管理公路、水路交通建设和定额、造价控制等有关工作；归口管理公路、水路交通建设工程监理。
（加挂交通战备办公室牌子）
负责指导交通专业运输企业和全市水上交通安全监督管理工作。监督实施道路、水路运输、公路水路工程建设和已运营交通基础设施等安全生产政策；依法组织或参与交通系统重特大恶性事故的调查处理工作；指导交通直属单位的消防工作。负责全市公路、水路客货运输（包括城市客运、旅游运输、大件和危险物品运输等）及站场、港口、码头、车船修造、搬运装卸、运输服务市场的行业管理；组织实施重点物资运输和紧急客货运输；负责制定有关政策、规章的实施办法以及线路、运力、站场、港口、码头的布局和宏观调控规划；负责交通运输业户和交通运输外资、合资企业的资质审查；指导和协管运输及运输服务价格；负责全市汽车综合性能检测、汽车（含摩托车）驾驶学校和驾驶员培训的行业管理；按规定承担物流市场有关管理工作；指导全市交通运输行业节能减排工作；负责管理和指导交通运输行业的科技工作，指导交通行业的科技工作，组织交通重大科技项目攻关并促进成果推介；负责管理交通运输行业的标准、计量和科技信息工作。贯彻执行国家国防交通工作的方针、政策和法律、法规、规章，拟订本市有关国防交通工作的规定；负责拟订全市国防交通保障中长远规划和年度计划并组织实施，为全市的军事行动和其他紧急任务组织交通保障；负责国防交通的工程管理和国防运力的动员组织工作；指导、检查、监督全市的国防交通工作，协调处理有关问题。
负责局机关和指导、监督全市交通行业的财务会计工作；负责交通国有资产和交通投、融资的管理；负责交通建设项目资金的请款、拨付；负责交通行政事业性收费审查报批和交通基础设施产权转让、公路收费权转让的审查报批；负责局机关和直属单位控购的审查报批；负责本系统的内部审计工作。
机关党委负责局机关和直属单位的党群工作。
纪检（监察）机构按有关规定设置。
