根据上述职责，区交通运输局设5个职能科室。

办公室。

组织协调局机关日常工作；负责机关文电、会务、信息宣传、机要、法制、保密、档案、信访稳定、应急、交通战备、后勤保障、政府信息公开和区12345市民服务热线办公室转办事项的办理等工作；负责人大代表建议、政协委员提案办理工作；负责机关综合性文稿的起草工作；负责拟订机关工作制度并监督实施；负责局机关及所属单位组织人事、机构编制、教育培训、离退休干部管理服务等工作；承担交通运输行业人才管理服务工作。

财务审计科。

组织实施交通运输行业有关财务会计制度；编制年度财务计划，审核批准所属单位的财务计划和年度会计决算；负责交通专项资金、预算外资金、政府采购、预决算等有关财务会计工作；负责本系统内部审计和统计工作；负责局机关及所属单位国有资产管理工作；承担行业投融资有关工作。

（三）安全监督科。

负责拟订交通运输系统内安全管理制度、办法、规定；监督对相关法律、法规、标准及各项制度、办法的贯彻落实情况；指导安全生产和应急处置体系建设；承担有关道路运输、水上运输安全生产监管工作，参与处理有关事故调查工作；组织交通运输安全宣传教育、安全培训活动；负责交通运输系统安全管理工作的考核、奖惩及安全设施的配备。

（四）建设管理科。

组织编制综合交通运输体系规划，承担有关协调工作；拟订交通运输、城市客运、轨道交通相关规划、计划，经批准后组织实施；负责编制交通基础设施中长期建设计划；负责交通基本建设项目的规划、立项有关工作；负责公路、水路建设市场的监督管理；参与拟订公路、水路工程建设、养护和管理的相关制度并监督实施；组织协调公路、水路有关工程建设和工程质量监督管理工作；负责公路、水路工程设计监督管理、项目招投标、施工许可、竣工验收等工作；承担公路路政管理工作；负责全区县道及其附属设施建设、管理和养护工作；负责对镇人民政府（街道办事处）关于农村公路的规划、建设、养护和管理工作进行指导和监督。

（五）运输管理科（挂行政审批办公室牌子）。

会同有关部门组织编制全区综合运输体系规划，承担涉及综合运输体系的规划协调工作；指导交通运输枢纽规划和管理；拟订交通运输行业规划、参与拟订现代物流业发展战略和规划、计划并组织实施；负责综合分析、预测行业经济运行情况，引导行业优化结构、协调发展；参与拟订城市客运发展规划、计划并监督实施；监督指导公共客运交通、公共自行车系统的运营管理，负责相关事项的协调工作；协调道路、水路运输及城市客运与其他运输方式的衔接；承担公共客运特许经营相关工作；负责道路、水路运输市场监管；负责机动车维修行业监管工作；负责驾驶员培训相关监管工作；承担组织协调重点物资、紧急客货运输和节日运输的有关工作；承担抗震救灾、防汛等重大自然灾害的交通保障工作；负责船舶（不含渔业船舶）及相关水上设施登记、防止污染工作；指导行业科技进步、环境保护和节能减排工作；承担交通运输行政执法的组织协调和监督工作；指导行业有关体制改革工作；负责相关规范性文件的合法性审核工作；负责行政复议和行政应诉相关工作；负责行政审批事项的日常办理工作；组织推动本部门行政审批制度改革和职能转变相关工作。