（一）办公室

协助局领导处理机关日常工作。负责文秘、档案、信访、物业管理、后勤管理、宣传、信息、保密、保卫、计生、督办及会议的组织安排和综合性文稿的起草工作；组织开展调研工作；负责人大代表建议、政协委员提案的办理工作。

（二）人事科

负责局机关和所属单位党组织建设、精神文明建设及干部、人事、劳动工资、社会保险工作；负责本系统职工教育、技术培训和职称晋升工作。负责局机关离退休人员管理服务工作；指导所属单位的离退休人员管理服务工作。

（三）水政监察大队（副局级）

负责拟订水利行业法规和水利执法工作；负责水行政复议工作；协调处理水事纠纷；负责河道工程维护管理费、水资源费的征收工作及全县的水资源管理和水土保持工作；负责水利行业普法工作。

（四）财务、审计科

按照国家财务制度，编制并严格执行财务计划、预算，遵守各项收入制度及费用标准及开支范围，分清资金渠道来源，合理使用资金，审计局下属单位的财务情况。

（五）工程管理科

负责全县的抗旱及内河防汛工作，协调各乡镇的用水管理和用水量。同时负责全县水利工程和设施管理和农田水利基本建设，监督和实施水利行业技术、质量标准和水利工程的规程、规范，组织、实施、监督水利工程的招标投标及具体施工。

（六）勘察规划设计室

负责全县的水利工程的勘察、规划设计工作，以及中小型水利建筑物的设计及预算编制，编制水利基建项目的建议书、可行性报告。

（七）水产办公室

负责全县的水产养殖、渔业和技术指导工作，贯彻落实《渔政法》，进行渔政监督管理，查处各类破坏渔业生产的不法行为。

（八）建设站

推广节水灌溉，负责全县的人畜吃水及机井建设工作，负责水文地质勘测工作。