(一)办公室(组织人事科)。负责机关日常运转，承担文秘、信息、机要、保密、档案、督查、安全、信访、政务公开等工作。承担并指导交通运输行业精神文明建设和思想政治工作。负责系统内意识形态建设、党员教育管理工作。组织协调指导交通运输宣传报道、新闻发布工作。负责局党委所属党组织建设工作。按照干部管理权限负责部门管理干部和所属单位领导班子管理。承担并指导局机关和所属单位的机构编制、干部人事、劳动工资、干部培训、奖惩、出国(境)报批和政审工作。负责局机关和所属单位并指导交通运输行业人才、职称、职业资格和技能鉴定工作，以及离退休干部服务与管理工作。

(二)财务审计科。指导交通运输行业财务、会计和审计工作。负责局机关、指导监督所属单位财经纪律和财务制度的执行。参与拟订交通运输发展的资金筹集政策，提出有关财政、价格等政策建议。组织编报部门预决算工作。承担交通运输资金的申请、拨付及使用监管、会计核算工作。组织局机关和局所属单位开展内部审计并完善内部控制机制。负责局机关并指导所属单位固定资产管理和政府采购工作。指导实施交通运输行业规费的征管工作。

(三)安全监督科。组织拟订并监督实施公路、水路安全生产政策和应急预案。负责公路、水路运输安全生产综合监督。指导有关安全生产和应急处置体系建设，监督所属单位安全监管工作。依法组织或参与有关事故调查处理工作，监督事故查处的落实情况。承担公路、水路突发公共事件应急管理工作。指导交通运输行业平安创建与社会治安综合治理工作。负责指令性计划、重点物资、紧急物资、节假日运输等交通运输保障工作。

(四)综合计划科(科技环保科)。组织拟订综合交通运输体系规划和全县公路、航道、港口、城乡公共交通、枢纽、交通物流等发展规划。参与拟订铁路规划。拟订交通运输行业发展战略、投资政策，参与拟订交通运输行业筹融资政策。拟订公路、航道、港口、枢纽建设的固定资产投资计划和年度计划，组织编制农村公路、基础设施维护、行业管理年度投资计划。承担交通运输基础建设前期工作协调和管理、概预算管理工作。承担交通运输重点工程项目的预可、工可、初步设计、后期评价等管理工作。负责全县交通运输固定资产投资统计和交通运输行业统计分析和信息发布工作。负责交通运输行业对口支援工作。负责交通运输行业目标管理与考核工作。指导交通运输行业利用外资和对外交流合作工作。负责全县道路、水路运输发展的指导协调和管理服务工作。负责道路、水路运输及交通物流业发展战略、规划、政策、标准的拟订和监督实施。负责有关运输场站(枢纽)并参与拟订城市客运有关设施的规划。负责全县交通运输行业运输生产统计和分析工作。组织编制交通运输行业科技、节能减排与信息化发展战略、规划和计划。组织实施交通运输行业科技项目攻关、创新技术引进开发和科技成果管理。指导协调交通运输行业信息化项目建设与管理。组织并指导交通运输行业标准计量、知识产权、技术交流、行业技术创新体系建设工作。指导并监督交通运输行业质量、技术、节能减排、环保工作。负责绿色循环低碳交通体系建设工作。

(五)建设管理科。拟订交通运输工程建设质量发展目标和政策并组织实施。承担并指导交通运输建设市场监督管理。监督管理交通运输行业与产业项目招投标工作。承担并指导公路、水运建设和维护的行业管理工作，负责交通建设工程实施阶段程序管理，组织指导施工图设计审批、工程变更设计审查、指导监督交竣工验收。组织和指导交通建设工程设计、施工、监理、定额造价、试验检测的监督管理。负责交通建设市场主体的资质资格管理和信用管理。依法处理交通建设过程中利益关系人的投诉。

(六)政策法规科(行政许可服务科)。承担公路、航道、港口、海事、运输管理、建设管理、质量监督等县级交通运输行政许可工作。组织实施县级交通运输行政许可统一受理、统一审批、统一送达工作。牵头负责交通运输行业信用管理工作，负责推进全县交通运输“放管服”改革工作。参与交通运输地方性法规、规章的规划和起草工作。承担规范性文件的合法性审查与备案工作。承担交通运输行政执法监督、行政复议、行政应诉和执法队伍建设工作。承担并指导道路、水路运输信用管理工作。负责交通运输行业法制宣传教育工作。指导交通运输行业体制改革和结构调整工作。

(七)交通战备科。负责全县国防交通战备动员工作。负责规划全县国防交通网络布局。拟订并组织实施全县国防交通保障计划和应急保障方案、交通动员及运力征用计划方案、军民融合发展规划方案。组织指导全县国防交通专业队伍建设。负责部队军事行动和其他紧急任务的交通保障。拟订并实施全县国防交通物资储备计划，调配国防交通物资。承担并指导所属单位交通战备工作、人民武装工作和双拥共建工作。协调对接铁路运输有关管理工作。