根据上述职责，淄川区水务局设6个内设机构。

（一）办公室

组织协调机关日常工作；负责文秘、机要、档案、保密、保卫、信访、信息、宣传、调研、督查、会务、接待、应急管理、后勤服务及业务考核等工作。负责局机关并指导局属事业单位的组织、人事管理和机构编制工作；负责局机关并指导局属事业单位离退休人员的管理服务工作；指导全区水务职工队伍建设。

（二）财务科

负责提出水务固定资产投资规模和方向；提出水务财政性资金、行政事业性收费使用计划；提出水利建设投资安排计划；负责区级水利资金和水务国有资产监督管理工作；管理、监督国家和省、市、区拨入各类经费的使用；负责局机关并指导局属事业单位的财务工作。

（三）水政监察科

负责研究提出全区水利法制建设规划和依法行政规划，负责对规范性文件进行合法性审核；负责全区水利法律法规的宣传普及工作；调处单位之间的水事纠纷；承办行政应诉工作；负责全区水政队伍的业务培训和水行政执法监督指导工作；负责全区水务系统的综合执法与涉水事件的查处；负责推进全区水务依法行政工作；负责水务行政事业性收费征收管理工作；按照有关法律、法规和规章的规定和行业标准，组织实施水务行政许可事项的许可与监督管理工作。

（四）农村水利科

起草全区农村水利的发展规划和政策措施；组织协调农田水利基本建设；指导农田灌溉排水、农村供水工作；组织实施农村饮水安全、节水灌溉等工程的建设与管理；指导农村水利社会化服务体系建设；负责全区水务科学技术推广、教育、对外合作与交流工作。

（五）水产科

实施渔政监督管理；负责全区渔业水域的生态环境保护、水产品质量安全检测管理工作，依法查处渔业违法案件；负责对渔业生产的技术指导和病害防治工作。

（六）安全生产监督管理科

负责区农业水利安全生产委员会的日常工作，承担农业生产、水利工程、城市供水、水利水电施工等领域的安全监管工作。