根据上述职责，水务局内设4个职能股（室）：

（一）综合股

协助局领导组织局机关的日常工作，协调各股（室）、站和下属单位的关系；负责文秘、信息、会务、党务、事务、保密、重大会议组织、档案、信访、安全保卫、办公自动、来人接待和政务公开工作；负责局机关和下属单位的机构编制、人事管理、劳动工资职称职改评聘等工作，负责机关内部规章制度建设、监管机关国有资产和承办全局干部队伍建设工作；负责局机关后勤及离退休干部的管理服务工作；指导全县水务系统劳动保护、社会治安综合治理工作;负责领导交办的其他工作。

（二）计划财务股

拟订全县水务中长期发展规划;组织编制“十二·五”水利发展规划，按照规划要求，对水工程建设提出建议；负责局机关和下属单位各项资金收付、核算及预、决算的编制、执行工作；组织承担水务综合统计和基建统计；对水利资金的使用进行监督和宏观调节；指导全县水务系统国有资产的监督管理和全县水利行业的规划、计划、财务、统计工作。

（三）水政执法监督股

组织全县水法律法规的宣传、学习、贯彻实施；指导全县水政监察和水行政执法工作，及时依法查处水事案件；承担部门间、县乡（镇、场）间水事纠纷协调的有关工作，承担水务局行政诉讼、行政复议和普法教育工作；承办河道采砂管理工作；承担全县水资源统一规划、管理和保护工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度，拟订县乡（镇、场）间水量分配方案并组织实施；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制，监测江河湖库的水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量的建议；承担县水土保持委员会办公室的日常工作。负责水土保持预防、监督和综合治理工作；拟订水土保持工程措施防治规划并组织实施；组织编制水土保持流域综合治理项目规划、储备、申报工作；审批开发建设项目的水土保持方案并监督实施；组织拟订水保技术规程、规范并监督执行；组织水土流失的动态监测并公告；对有关法律、法规的执行情况实施监督。

（四）工程建设管理股

组织编制全县水利工程项目规划、申报和实施；对全县水工程建设进行行业管理，规范、指导全县水务行业水工程的质量管理；组织对江河湖泊和水利工程的防洪安全管理；组织指导江河湖泊的综合治理与开发；组织全县重要水利工程的建设和验收；负责水务行业勘测、设计、监理、咨询、施工及招标代理机构的资格审查和申报工作；负责全县江河湖库等水域、岸线和各类已建水利水电工程的行业管理；拟订管理和保护河道、水库、湖泊等水域、岸线、水利工程的规章制度并监督实施；组织指导全县水工程注册登记、安全鉴定工作；指导水工程的监测、安全管理和维修养护工作；负责河道、涉河建设项目审查批报工作；研究提出全县农村水利的政策和发展规划；指导全县农田水利基本建设和农村水利社会化服务体系建设；指导乡镇供水、农村节约用水、农村人畜饮水和饮水安全工作；组织拟订全县中型灌区规划；指导灌区续建配套与节水改造建设；对全县农村小水电和机电排灌站进行行业管理并组织农村电气化工作；指导全县水利科技协作、交流和推广工作。

县防汛抗旱指挥部办公室

承办湖口县防汛抗旱指挥部的日常工作；组织、指导全县防汛抗旱工作；组织制定县内主要江河湖泊的防御洪水预案；组织编制全县重要水工程渡汛方案，实施对全县主要江河湖泊和重要水工程防汛抗旱调度；负责收集、报告洪涝、旱灾情。督促检查水毁工程修复。

工会按章程设立。