根据上述职责，市国土资源局设10个职能处室。

（一）办公室（挂“财务处”牌子）

综合协调局机关事务；负责文秘、信息、保密、档案、政务公开、固定资产管理、安全保卫、车辆管理；组织办理人大代表建议、政协提案；管理国土资源信息化工作；负责局机关和事业单位的财务管理，编制并组织实施财务预决算及年度财务计划；负责土地、矿产资源非税收入的收缴工作，负责国土资源专项经费及其他资金的财务管理；负责局机关和直属企事业单位的财务监督审计。

（二）法规处

监督检查国土资源法律法规政策的执行情况，指导、监督全市各级国土资源部门依法行政工作；组织开展国土资源政策调研，起草、修订、审核有关国土资源管理的规范性文件；负责普法工作，以及行政复议、应诉等工作；指导全市国土资源执法监察，拟订国土资源执法监督和违法案件查处的有关规定；组织查处重大国土资源违法案件；承担涉及国土资源的信访工作。

（三）规划处

编制并指导实施全市国土规划、土地利用总体规划和土地利用年度计划；编制土地开发整理复垦、基本农田保护等专项规划；参与审核城市总体规划和相关规划；指导和审核县区、乡镇土地利用总体规划；承担农用地转用规划审核；参与建设项目用地预审；协调衔接各项土地资源规划，并对实施情况进行监管。

（四）耕地保护处（挂“湖州市征地补偿标准争议协调办公室”牌子）

承担耕地保护、基本农田（含标准农田）保护、土地征收征用和未利用土地开发、土地整理、土地复垦工作；承办农村土地整治的项目立项、验收，并进行监督检查；承担耕地保护责任目标考核的有关工作，监督检查基本农田保护和占用耕地补偿制度的落实情况；审核补充耕地方案、征收（征用）土地方案和农用地转用方案；承办相关建设项目用地的审核、报批工作；协调征地补偿标准争议，并对协调意见的落实情况进行监督；参与拟订征地补偿政策，以及指导、监督征地补偿安置方案的落实。

（五）地籍管理处

拟订并组织实施全市地籍管理规定、地籍调查和统计的技术规范及权属管理办法；参与除农民宅基地外的土地确权登记发证及相关权属管理；负责建设项目用地复核验收工作；组织全市土地资源现状调查、动态监测、地籍权属、变更调查及统计；组织调处并承办土地权属争议；配合查处土地权属违法案件；组织全市土地证书的验证工作。

（六）土地利用管理处（挂“调控与监测处”牌子）

管理城乡建设用地和土地市场；拟订并组织实施国有土地使用权划拨、出让、租赁、转让、作价入股、抵押、交易和政府收购储备管理办法；拟订并组织实施农村集体非农建设用地的使用管理办法；负责国有建设用地使用权招标、拍卖、挂牌出让等组织和实施工作；参与供地项目和收回国有土地使用权的审核、报批；负责以出让、转让方式取得土地使用权的建设项目用地的审批后管理；承担农村集体非农建设用地的流转管理；指导并组织基准地价、标定地价评测；审核土地评估机构及其从业人员资质；承担企业转制的土地资产管理及处置工作。

开展全市国土资源形势分析；参与全市宏观经济运行及综合配套改革等相关政策措施的研究；配合开展国土资源管理政策研究；组织开展国土资源重大课题调研；承担综合统计，管理局内专业统计工作。

（七）矿产资源管理处

拟订矿产资源管理政策；监督管理采矿权市场；组织编制并监督实施全市矿产资源总体规划；指导编制并审核县级矿产资源规划；负责全市矿产资源储量登记、统计工作，组织矿产资源储量实测工作；负责划定矿区范围，审查开发利用方案和地质环境保护与治理恢复方案；负责采矿权出让和登记发证；指导矿产资源的综合利用；负责矿山企业相关项目的年检和年报统计；组织指导全市矿山自然生态环境保护与治理工作，协助做好矿山自然生态环境治理备用金收取使用和管理；调处采矿权权属争议、纠纷，协助查处违法开采案件。

（八）行政审批处

按权限和分工，办理本部门行政审批（含许可）事项的受理、审核、发证等工作；组织协调行政审批联办等相关工作。

（九）组宣人事处

承担局机关、直属事业单位和派出机构的机构编制、人事管理及离退休人员管理服务等工作；按权限管理县国土资源部门的领导干部；编制并组织实施国土资源人才规划；组织开展国土资源宣传和本系统人员教育培训工作；指导国土资源管理队伍建设工作。

（十）监察室

负责本系统党的纪律检查和行政监察工作；负责党风廉政建设和惩防体系构建，贯彻落实党风廉政建设责任制；负责党员、干部的廉政教育和作风建设；负责调查、处理市局管辖的检查、监察对象违反党纪政纪的案件及其他重要案件；负责受理党员和监察对象的检举、控告，受理党员和行政监察对象不服党纪政纪处分决定的申诉；承办市纪委、市监察局交办的其他事项。