玉树州水利局主要职责：

（一）贯彻有关水利工作的法律法规和方针政策，拟订本地区水利发展中长期规划及年度计划并组织实施；参与拟订州管主要流域的防治规划和防洪规划；负责提出全州水利固定资产投资规模、方向和财政性资金安排的意见；按规定权限审批、核准规划内和年度计划规模内水利固定资产投资项目。

（二）实施水资源的统一监督管理。组织开展水资源调查评价工作和水能资源调查、规划管理工作；负责州内主要流域、区域以及水利工程的水资源调度；组织实施取水许可、水资源有偿使用制度和城乡规划及各类建设项目的水资源论证、防洪论证制度。

（三）负责全州水资源保护和节约用水工作。拟订水资源保护规划；组织水功能区的划分；监测全州江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见。指导饮用水水源保护工作；指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作。组织实施节约用水政策、措施、规划和相关标准，推动节水型社会建设工作。

（四）指导全州水利基础设施、水域及其岸线的管理与保护，负责州管河流湖泊及河岸滩涂的治理、开发建设，指导和监督水利工程建设与运行管理。

（五）指导全州水土保持工作。研究制定水土保持的工程规划并组织实施；组织实施水土流失的监测和综合防治。指导重点水土保持及有关生态建设项目的实施。组织开展水土保持宣传教育工作。

（六）指导农村牧区水利工作。组织协调农田、草原水利基本建设，指导农村牧区人畜饮水工程、节水灌溉工程的建设与管理，指导农村牧区水利设施管理和社会化服务体系建设。组织实施小水电建设管理和乡镇供水工作。

（七）负责重大涉水违法事件的查处。协调、仲裁跨县水事纠纷，指导水政监察和水政执法。依法负责水利行业安全生产工作，负责对州管水库水电站大坝的安全监管，负责水利建设市场的监督管理。

（八）组织、协调、指挥全州防汛抗旱工作。指导水利突发公共事件的应急管理工作。

（九）按规定权限，负责全州水利工程建设项目招标投标活动的监督与管理；组织开展水利行业质量监督工作，执行水利行业的技术标准；承担水利科技推广和水利统计工作。

（十）组织指导河道采砂管理工作。

（十一）承办州政府交办的其他事项。