玉树州水利局设4个内设机构：

（一）办公室。

负责文电、会务、机要、档案等机关日常事务工作。承担信息、保密、信访、政务公开、政府部门间的联系协调与督查督办等工作；负责局机关财务报账、水利统计报表及有关其他报表和人事工作。

（二）规划计划建设科。

起草水利规划，审核州管建设项目洪水影响评价和水利工程建设规划意见书，组织审核州管水利工程项目建议书和可行性研究报告。组织州管水利建设项目初步设计审核和工程建设与验收；指导州内水利工程建设管理；指导州管水利工程开工审批、蓄水安全鉴定和验收；组织协调全州农田、草原水利基本建设工作；指导农村牧区饮水安全、村镇供排水工作；指导实施农村牧区饮水安全工程建设；指导农田灌溉与草原灌溉工作；组织实施节水灌溉、雨水积蓄利用、灌区续建配套与节水改造、草原节水灌溉示范项目、泵站建设与改造工程建设；组织实施小型农田水利工程建设；指导水利建设市场的监督管理；承担州内水利科技项目和科技成果的管理工作；承担州管水利水电工程建设项目招投标活动监督管理，承担州管水利工程质量监督管理。

（三）水政水资源科。

负责水资源调查、评价和监测工作；编制水资源专业规划并监督实施；监督实施水资源论证制度、取水许可制度和水资源有偿使用制度；组织编制节约用水规划，监督实施各行业用水定额；承担地下水资源开发利用和保护工作；指导州管水电站大坝的安全监管，组织重大水利安全事故的调查，指导水利基础设施、水域及其岸线的保护与管理；指导河流、湖泊及河岸的治理开发，组织指导河道采砂管理及河道范围内建设项目管理的有关工作；指导水政监察和水行政执法工作；指导州管河流水能资源开发、小水电建设及管理工作。

（四）水利水土保持科。

承担水土流失综合防治；组织编制水土保持规划并监督实施；负责开发建设项目水土保持方案的审核并监督实施；组织水土流失监测、预报并公告；组织实施水土保持的宣传教育工作。