珙县交通运输局机关设4个内设机构和珙县交通战备办公室。

(一)办公室(行政审批股)

负责机关日常政务的综合协调；负责文秘、信息、督办、提案办理、机要、值班、保密、档案和政务公开、接待工作；负责起草全局性的重要报告、综合性文件；承担有关重要会议的组织工作；负责对全县交通行业目标执行情况督查和管理；负责接待、处理群众来信来访，督查督办信访案件；协调处理群体性上访事件；负责机关后勤行政管理工作；负责社会治安综合治理、扶贫工作;指导和协调交通行业的法制建设和依法行政工作；承担行政执法监督、行政复议、行政诉讼和规范性文件审核工作;指导、组织交通法规的宣传教育工作；管理交通执法证件和装备;承办有关行政审批工作。

(二)政工股

组织协调局党委组织工作、纪委工作、宣传工作，承办局党委决议、决定和有关会务工作，负责局机关及党组织建设的日常工作，指导下属单位党建和工、青、妇、关工委等群团工作；负责局管干部的考察、考核、培养、选拔和后备干部队伍建设的具体工作;负责局机关和指导下属单位的纪检、监察工作；指导交通行业党风廉政建设和行风建设工作。

(三)工程建设管理股(珙县农村公路建设项目管理处、珙县农村公路建设质量监督站)

组织拟订全县交通运输行业工程建设政策、制度和技术标准;监督管理公路、水路建设项目实施，维护公路、水路建设市场秩序;指导农村公路建设和干线公路养护管理工作；承担县重点公路、水路建设项目的设计文件审查、施工许可审查和竣工验收；承担公路、水路建设从业单位和从业人员的信用评价、资质管理工作；负责对交通建设工程项目的招标投标活动监督执法；监督重点公路、水路建设项目的工程进度、工程质量、工程造价；指导公路、水路基础设施的维护和管理；组织拟订农村公路、干线公路水毁、渡改桥建设等专项计划，组织交通行业科技项目、科技信息交流和鉴定、评审、推广工作。

(四)交通安全运输股

负责全县公路、水路运输市场的行业行政管理；负责公路、水路客货运输的综合协调及行业管理；负责重点物资、紧急物资运输的组织工作；制定联合运输规范性文件并监督实施；负责客货运输车辆维修、租赁、运输服务、搬运装卸、机动车技术检测、机动车驾校和驾驶员培训的行业管理工作;负责全县交通、水陆客货运输的质量管理工作；负责运输价格管理工作；指导全县交通行业全面质量管理工作；贯彻执行国家、省、市有关城市交通运输管理法规和政策，研究拟订我县城市交通发展规划，拟定运力投放方案和运行线路，并组织实施；会同有关部门研究制订城市交通秩序整治方案并组织实施；会同有关部门在城市统一规划下进行客运站点、渡口码头的规划布局，并指导建设、维护和管理;配合城市交通运输加油站、加气站的规划工作;指导城市出租车和人力三轮车市场的管理工作；负责指导全县交通安全生产管理工作；负责宣传贯彻党和国家、省、市有关安全生产的方针政策；负责管理全县水陆运输、水陆建设施工、养护生产中的安全工作；配合有关部门参与重大交通事故的调查处理。

珙县交通战备办公室(珙县保护通信线路安全办公室)

制定交通战备的有关政策和措施，规划全县国防交通网络布局，对县内交通建设提出有关国防要求的建议；参加有关交通工程设施的勘测、设计、鉴(审)定和竣工验收；负责全县的国防运力动员和运力征用；制订和实施全县国防交通物资储备计划，调用国防交通物资；负责全县保护通信线路安全工作的组织、协调、检查督促工作，参与有关保护通信线路安全的综合治理工作；指导、检查、监督全县铁路、交通、邮政、电信等部门的国防交通工作。