(一)办公室(工程移民处)。负责机关日常运转，承担宣传、信息、档案、保密、信访、综治、政务公开等工作；指导水利工程移民工作；承担水利工程移民管理和后期扶持工作，组织实施水利工程移民安置验收、监督评估等制度；指导大中型水利工程移民区和安置区的基础设施建设工作；组织开展新增水库移民后期扶持人口核定，协调推动对口支援工作。

(二)规划计划处(科技与对外合作处)。拟订全市水利发展规划，组织编制流域(区域)水利综合规划、专业规划、专项规划并监督实施，参与市际、县际边界水利规划协调；负责全市水利投资计划的综合平衡；拟订市级水利固定资产投资计划；组织指导有关防洪论证工作；编制、审查大中型水利建设项目建议书、可行性研究报告；组织实施市水利建设投资计划，承担水利统计工作；指导全市水利重点工程项目的初步设计及概算；负责协调落实南水北调后续工程建设的有关政策措施；组织编制水利科技、水利信息化发展规划；组织编制和审核大中型水利工程移民安置规划；负责水利科技项目和科技成果管理工作，组织重大水利科学技术研究、技术引进和技术推广；组织监督实施水利行业技术标准、规程规范；指导水利科技和水利信息化工作；负责水利行业对外合作与交流工作。

(三)政策法规与监督处(行政审批处)。督促检查水利重大政策、决策部署和重要工作的贯彻落实情况；组织起草有关地方性法规、规章草案，负责规范性文件的合法性审查、备案并监督实施；组织开展有关水利改革与发展的政策研究；指导法治水利建设和依法行政工作；指导行政执法工作；承办局行政复议、行政诉讼和行政赔偿工作；指导水利系统法治宣传教育和普法宣传工作；负责洪水影响评价类、取水许可及生产建设项目水土保持方案、河道采砂及管理范围内从事有关活动、水利项目设计文件审查、占用农业灌溉水源、灌排工程设施审批等行政审批工作，并限时办结。

(四)财务审计处。指导水利系统财务会计和内部审计工作；负责编制市级水利部门预算并监督执行；负责市级水利资金、国有资产的使用及监督管理；指导水利行业国有资产的监督管理工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议；负责局机关及局属单位财务管理、内部审计和领导干部的任期经济责任审计工作。

(五)水资源管理处(市节约用水办公室)。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，指导开展水资源有偿使用工作；组织水资源承载能力监测预警工作；组织编制并发布市水资源公报；指导水量分配工作并监督实施，指导河湖生态流量水量管理；组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作，按规定核准饮用水源地设置；负责地下水开发利用和地下水资源管理和保护，组织指导地下水超采区综合治理；参与编制水功能区划，参与指导入河排污口设置管理工作；指导水利行业供水、排水、污水处理工作；指导雨洪资源利用的工程建设与管理；拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，组织实施行业用水标准；组织指导计划用水、节约用水工作；组织实施用水总量、用水效率控制和定额管理制度；指导和推动全市节水型社会建设工作；会同相关部门指导农业节水工作；指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。

(六)基本建设处(安全生产监督管理处)。指导全市水利基本建设管理工作，负责市重点水利工程建设项目法人的监督管理；指导全市重点水利工程建设工作，负责工程初步设计的报批和工程验收工作；负责大中型水利工程移民区和安置区的基础设施建设工作；负责市水利工程招标投标活动的监督管理，承担水利建设市场的监督管理和信用体系建设等工作；组织实施水利工程质量和安全监督；承担全市水利行业安全生产监督管理工作；组织或参与制定水利行业安全管理规程规范；指导局属水利工程管理单位、生产经营类单位和重点建设项目的安全监管；组织水利安全生产事故的调查处理。

(七)工程运行管理处。指导全市水利设施的管理、保护和综合利用；指导水旱灾害防御和水量调度工作；指导监督跨区域跨流域调水工程和南水北调工程的调度管理等工作；负责市属水利工程的运行管理；组织编制水利工程运行调度规程，指导泵站、堤防、水闸、水电站等水利工程的运行管理与确权划界；指导城市防洪和水利工程的运行管理；按规定指导水能资源开发工作。

(八)生态河湖处(河湖长制工作处)。指导全市水域及其岸线的管理和保护，指导流域和区域骨干河湖及河口的开发、治理和保护；指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作；会同相关部门指导全市河湖保护规划编制工作；指导河湖采砂规划和计划的编制并监督实施；指导退圩还湖工作；指导全市水利绿化工作；承担盐城市河长制工作办公室的日常工作；组织拟订推行河湖长制工作制度，编制工作计划和考核目标；向市级河湖长提出工作建议，落实市级河湖长确定的事项；对河湖长制工作落实情况进行检查、督察、考核；协调督导河湖长制工作重点事项和问题；组织拟订推行河湖长制有关法规、政策、制度。

(九)农村水利与水土保持处。组织开展大中型灌排工程建设与改造；指导农村饮水安全、乡镇供排水、农村河道疏浚整治等工程建设管理工作，指导节水灌溉有关工作；指导农村水利社会化服务体系建设；指导全市水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，负责水土流失监测、预报并公告。

(十)组织人事处。负责机关并指导直属单位的干部人事、机构编制、队伍建设、劳动工资、教育培训、机关绩效管理等工作；指导直属单位党建、精神文明、作风行风建设工作；指导全市水利行业人才工作和职工队伍建设；负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。

机关党委。负责机关的党群工作。