(一)办公室(党建工作办公室)。负责机关日常运转工作,承担政务信息、安全、保密、信访、政务公开、信息化、新闻宣传及意识形态等工作,承担机关和指导所属单位内部审计工作;负责机关和所属单位的党群工作。
(二)人事老干部股。承担机关和所属单位的干部人事、机构编制、教育培训和老干部工作,负责水利行业人才队伍建设;承担水利体制改革的有关工作。
(三)财务股。负责部门预决算的编制和预算执行工作,承担机关并指导所属单位的财务和资产管理工作;负责全县大中型水利工程征地移民资金管理工作;组织提出县级水利财政资金安排建议,并协调项目实施的监督管理和绩效评价;提出有关水利价格、税费、信贷的建议。
(四)规划计划股。指导和组织编制、审查、申报水利综合规划、专业规划、专项规划,拟订全县水中长期供求规划;按县政府规定权限,指导和组织编制、审查、申报水利基本建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计,负责审批水利基本建设项目初步设计文件;拟订全县水利固定资产投资计划;组织实施水工程建设项目合规性审查工作;指导协调实施水资源、水生态、水环境、水灾害统筹治理;承担水利统计工作。
(五)水资源管理股(睢县节约用水办公室)。承担最严格水资源管理制度相关工作,负责最严格水资源管理制度考核;组织实施水资源取水许可、水资源论证、用水总量控制等制度,负责水资源有偿使用、水权制度建设工作;指导水量分配并监督实施,组织指导河湖生态流量水量管理、河湖水生态保护与修复、河湖生态水系连通工作;组织编制水资源保护规划,指导饮用水水源保护工作;组织开展水资源调查、评价有关工作,指导水资源监控能力建设和水资源承载能力监测预警机制建设工作;拟订节约用水政策和制度,组织指导节约用水工作,指导和推动节水型社会建设,组织编制节约用水规划并协调实施,组织实施用水效率控制、计划用水和定额管理制度,承担节约用水考核有关工作;指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。
(六)水利工程建设和运行管理股。指导全县水利工程建设,按规定制定水利工程建设有关制度和重大事故应急预案并监督实施;指导水利工程建设质量、安全、进度管理工作;负责水利工程质量监督、检查、考核工作;组织实施水利工程建设安全生产监督管理工作;组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收,负责大型水闸等重要水利工程的除险加固工作;指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。
指导全县全面推行河(湖)长制工作,拟订有关工作计划、政策、制度等;负责落实河(湖)长制工作任务的组织协调、督导、检查、考核等;协调解决河湖管理保护重大问题和重点事项;指导河道采砂规划审批和计划的编制,监督管理全县河道采砂工作,牵头负责监督指导非季节性河流的采砂管理及防洪安全、河势稳定、堤防安全等相关工作。
负责水域及其岸线、水利设施的管理、保护和综合利用;指导河湖库及河口、滩地的开发、治理和保护;组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度;指导堤防、水闸等水利工程的运行管理与确权划界;组织开展堤防、水闸安全监测、鉴定及注册登记工作。
(七)农村水利和水土保持股。组织开展灌排工程建设、改造与管理,负责引黄灌溉工程管理,指导农村饮水安全工程建设与管理工作,指导节水灌溉有关工作;指导农村水利社会化服务体系建设和农村水利技术推广,指导水利扶贫工作。
组织编制水土保持规划并监督实施,承担水土流失综合防治工作,组织水土流失监测、预报并公告,负责生产建设项目水土保持方案审核并监督实施,负责县级水土保持补偿费征收管理工作。
(八)水旱灾害防御股。组织编制洪水干旱灾害防治规划和防护标准,组织编制重要河流和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施;承担水情旱情预警工作,负责全县洪水影响评价工作;组织指导全县水利物资储备与管理,指导水旱灾害防御队伍建设与管理。