办公室

协助局领导管理机关日常事物，组织执行机关各项规章制度；管理全县环境保护对外经济合作；负责公文、印章、档案收集、机要保密工作；负责组织绩效考核工作目标部分的组织协调、资料收集以及综合性文件（文稿）起草和综合调研工作；负责全县综合性环境保护会议、全局干部职工大会、局行政领导班子会议等重大活动的文秘和会务组织工作；负责局机关各队、站目标责任制的管理与考核工作；负责环境信访登记与交办工作；负责县环境科学学会的日常管理及学术交流工作；负责各类报刊、杂志、内部刊物的发行、征订工作；负责政务信息上报工作；负责局领导交办的其他工作。

环境影响评价股

贯彻执行环境影响评价制度。负责建设项目环评咨询服务及分级分类管理；负责全县新、扩、改建项目环境影响评价文件的预审、审批工作和“三同时”监督管理工作；负责组织协调建设项目环境保护设施竣工验收工作；参与总量控制和减排工作。

污染防治股

负责环境污染防治监督管理。拟订全县专项环境功能区划、污染防治规划；组织实施重点流域、重点区域污染防治工作及组织开展环境监测工作；组织实施污染源限期治理及排污许可证管理发放工作；监督管理饮用水源地环境保护工作；组织实施全县城市环境综合整治定量考核工作；协助相关企业申报环境保护专项资金及清洁生产审核；负责固废监督管理；落实全县排污设施运行的监督管理。

法制宣教辐射监督管理股

组织拟定并实施环境保护宣传教育计划；负责环境保护规范性文件的起草、协调、送审登记等工作；负责环境保护法律、法规的咨询工作；负责本局环境保护行政处罚、行政复议、行政诉讼方面的工作；负责依法行政和环保规范执法工作；依照有关规定，负责全局环境保护行政执法人员的资格审查和行政执法证件的管理工作，组织环境法制工作人员的法制培训；负责“绿色学校”、“绿色社区”等创建工作；负责办理人大议案和政协提案；负责辐射环境、放射性废物监督管理；负责局领导交办的其他工作。

政工财务室

负责制定全年收费计划，督导落实收费任务；搞好“收支两条线”工作，管理好各种票据，对各种开支进行财务把关；负责国有固定资产管理；负责局机关和直属单位机构编制、干部人事和劳动工资等有关管理工作；负责办理专业技术职务评审、工人技术等级评定有关工作；负责在职人员教育培训工作；承办环境保护表彰工作；负责档案管理工作；负责局领导交办的其他工作。

污染物减排办公室

负责污染物排放总量控制与实施，制定污染物年度削减计划；负责新、扩、改建项目的污染物总量指标核定；组织拟定和监督实施县内重点流域和重点区域的污染防治规划、自然保护区规划、生态保护规划；负责污染源普查工作的动态更新，参与编写可持续发展纲要；负责环境统计；负责新型工业化和绩效考核工作中污染物减排方面的有关工作；负责新型工业化考核、县域经济考核等工作；负责局领导交办的其他工作。