1958年11月，祥云、弥渡、宾川三县合并称祥云县，林业分设为局，水利工作属农水科主管。1961年2月，分县后林业、农水合并为农业局，局内设水利股、排灌组。水工队单设为局下属机构。1963年12月，根据中央“调整、巩固、充实、提高”的八字方针，县人民委员会决定，农业局改称农林科，水利工作属农林科主管，除水利工作队外，有5个水库管理所。1966年“文革”开始 ，1967年1月，成立中国人民解放军祥云县支左委员会，县成立生产指挥部，下设农林组，代行农林科职权。1968年10月，成立祥云县革命委员会，下设生产指挥组，水利工作由生产指挥组内的农林组主管。1970年，经县革委批准，成立祥云县农业局革命委员会，水利工作归农业局革委会主管。1976年 12月，县委决定，以县革委（76）311号文件通知，将临时机构林业、水利两个办公室撤销，农业、林业、水利分设为三个局，祥云县水利局正式成立，局内股室机构设置未正式批复。1977年，局机关实有干部、职工5人( 其中有专业技术人员2人)。1982年1月，县人民政府通知，将祥云县电力公司合并水利局，改称为祥云县水利电力局。1983年12月，机构改革后，于1984年2月，县人民政府决定，将局下属事业单位自来水公司，划归县城乡建设环境保护局主管。1996年7月，县人民政府通知，水利电力局改称祥云县水利水电局。2002年机构改革后，改称祥云县水利局。