根据上述职责，市交通运输局设8个内设机构：

（一）办公室

综合协调局机关和直属单位工作，督促各事项的落实；承担本部门重要文件、综合性文件的起草工作；负责局机关的文电、会务、机要、保密、信息、信访、档案、政务公开、新闻宣传和内部规章制度建设等工作；牵头组织办理人大议案和政协提案；负责局机关行政后勤工作；负责局机关和直属单位人事编制工作；负责指导、协调交通运输行业的精神文明建设工作。

（二）监察室

负责督促检查局机关和下属单位及个人在遵守或执行法律、法规、规章制度、方针政策的情况；受理对监察对象违反政纪行为的控告和检举，调查处理违反政纪的行为；受理被监察人员不服行政处分决定或行政复核决定、监察决定的申诉；协助抓好被监察部门廉政勤政、机关效能工作；承办本单位和市监察机关交办的其他事项。

（三）政策法规股

指导公路、水路交通运输行业法制建设，负责有关规范性文件的合法性审核工作；组织实施公路、水路交通运输行业执法，承办有关行政复议、行政应诉工作；指导公路、水路交通运输行业体制改革和执法队伍建设；负责交通法制宣传教育工作，受理交通行政执法来信来访、核实、反馈工作；负责市交通运输局行政审批工作；承担市治理公路和水上“三乱”工作协调小组的日常工作。

（四）财务审计股

贯彻执行公路、水路交通运输行业相关投融资政策；负责交通运输行业财务会计管理工作；组织编制交通运输行业财务计划和事业预决算，定期考核、检查、分析各项财务指标；拟订资金使用计划；负责局机关和所属单位的财政收支、财务收支和预算内、外资金的管理、使用及审计工作；负责交通专项资金征收、使用及管理审计工作；负责局直属单位负责人的任期（离任）经济责任审计工作。

（五）计划建设股

拟订并组织实施全市交通运输行业的发展规划和年度计划；参与拟订交通运输总体规划；参与拟订现代物流业发展战略和规划；指导权限内交通建设项目的立项、可行性研究，对公路、水路项目立项、可研审批或核准提出初审意见并组织开展项目后评价工作；研究提出全市公路、水路固定资产投资规模和方向、财政性资金安排的建议，提出利用外资和社会资金投资的规划，并组织实施；监测分析公路、水路交通运行情况，承担有关统计和信息发布工作；承担全市公路、水路建设市场的监管工作；承担公路、水路交通基础设施建设工程的设计、招标、投标、工程建设、工程质量的监管工作；组织交通建设项目中技术问题的审核，协调交通建设工程中的重大问题；负责全市公路、水路交通基础设施的管理和维护工作；负责农村公路建设、养护管理工作；参与港口、铁路、地方民用机场等交通基础设施建设有关事宜和规划衔接工作；开展交通扶贫工作。

（六）交通战备股

负责规划全市国防交通网络布局，对全市交通建设提出有关国防要求，参与有关工程的建设管理；负责有关专项战备资金的管理；负责本市国防运力调查、动员和征用工作；负责制订全市国防交通保障和物资储备计划并组织实施；贯彻执行本省有关国防交通的法规规章，组织、指导、检查、监督本市国防交通工作；负责编制交通战备建设的中长期发展规划和年度计划；参与编制全市交通行业运输生产、公路、港口、内河航道等建设的中长期发展规划和年度计划；负责市国防动员委员会交通战备的日常工作。

（七）运输管理股

负责道路、水路运输市场监管工作，起草全市道路、水路运输管理办法，组织实施道路、水路运输准入制度、技术标准和运营规范；负责城市客运、出租汽车、汽车租赁等的指导协调工作；负责全市公路运输线路、营运车辆、运输场站等管理工作；负责车辆（不含拖拉机）维修、营运车辆综合性能检测、机动车（不含拖拉机）驾驶员培训机构和驾驶员培训管理工作；负责水路运输及其辅助性经营的监督管理；按规定组织协调国家重点物资运输与紧急客货运输；参与组织实施现代物流业发展战略和规划；承担推进全市公路、水路交通运输行业科技、信息化发展工作；按规定承担公路、水路交通运输行业有关标准、计量、质量执行的工作；指导协调公路、水路交通运输行业环境保护、节能减排、技术改造和自主创新；协调交通系统对台工作。

（八）安全监督股（福鼎市交通安全办公室）

拟订并组织实施公路、水路安全生产应急预案；指导有关安全生产和应急处置体系建设；承担公路、水路交通行业安全生产和内河水上交通安全监督管理工作；承担内河水上交通管制、船舶及相关水上设施检验、登记和防治污染、水上消防、救助打捞、通信导航、船舶与港口设施保安及危险品运输监督管理等工作；承担公路、水路安全生产事故、内河水上交通安全事故、船舶及相关水上设施污染事故的应急处置，协同有关部门依法组织或参与以上安全生产事故的调查处理工作；指导公路、水路交通行业综合治理和平安建设工作。