INCOSE的开端可以追溯到1989年通用动力公司在加利福尼亚圣地亚哥加州大学主办的一场会议。这次会议的目的，是讨论一个合格工程师在进行系统考虑而不仅仅是侧重于某个具体学科时的明显缺陷。在1990年夏天，波音公司随后在华盛顿西雅图的巴特尔会议中心举行了另一次会议。约30人出席了本次会议，也关心了同样的议题。该小组通过了一个章程，并成立专责委员会，以解决系统的工程问题，并建立了系统工程国家委员会（NCOSE）。洛克希德公司的哈利·卡尔森，国防系统管理学院的杰里·莱克，和华盛顿大学的布赖恩·玛被选为临时联合主席。在1990年和1991年，在航空航天公司，IBM公司和TRW公司的赞助下，举行了更多的会议和研讨会。

第一次NCOSE会议是1991年10月在田纳西州查塔努加，与美国工程管理协会（ASEM）合作举办的。其他会议每年举行一次，在美国的不同地点举办。

1995年夏天，该组织正式更名为系统工程国际委员会或INCOSE，以反映世界各地10个不同国家越来越多专业人士的参与。自20世纪90年代起，INCOSE持续成长，至2007年底，“有超过6000成员，并具有广泛的代表性——从学生到高级从业者，从技术工程师到项目乃至企业管理，从科学和工程到业务发展”。