内设机构局机关为财政全额预算管理的事业单位，内设办公室、财务科、房改指导科、住房保障中心、开发经营管理办公室、法规科6个职能科室和肥城市物业管理办公室1个副科级内设机构。

1、办公室主要职责：协助局领导组织协调机关日常工作；负责调研、文秘、接待、督查、档案、保密、信息、信访、保卫、会议组织和后勤服务等工作；负责综合性文稿的起草工作；负责执法检查、行政复议和应诉工作；负责人事、劳动工资管理和离退休干部管理服务工作。

2、财务科主要职责：负责机关财务管理，对所属单位财务进行指导、统计、审计和监督；负责全市房产交易业务量的统计上报；负责年度计划的编制及各项经济指标的落实。

3、房产交易科主要职责：负责对全市房产产权产籍管理、房屋确权登记发证及交易市场工作的指导、监督；负责房产交易机构、中介机构、评估机构的资质审批工作；管理房产交易市场。

4、法规信息科主要职责：组织开展有关房产管理政策、法律法规的宣传；监督检查房产管理法律法规的执行情况；负责依法组织查处违法事件；负责承办有关行政复议、应诉和来信来访事宜；负责收集、发布有关房产信息，提供房产咨询服务；指导全市房产管理信息网络建设。

5、肥城市物业管理办公室主要职责：宣传、贯彻上级物业管理政策、法规，起草、制定全市物业管理政策及规范性文件；负责物业服务企业的资质管理；指导业主大会和业主委员会的工作；指导、监管物业管理招投标活动；住宅专项维修资金的缴存、使用和管理；组织参与老住宅小区改造工作；参与住宅小区规划审查和竣工综合验收；协调处理物业管理纠纷；查处违反物业管理法律、法规行为；指导县（市、区）房产管理部门开展物业管理工作。

6、肥城市房产交易中心的主要职责：负责房产转让、房屋买卖、面积计量、租赁、置换、抵押、典当工作；承担市政府委托的房地产评估任务，出具评估报告；发放商品房销（预）售许可证；负责全市房屋安全鉴定工作。

7、肥城市住房保障中心主要职责：负责办理经济适用住房及廉租房建设的相关手续；负责组织经济适用住房及廉租房建设项目招标投标、建设管理、竣工验收等工作；负责经济适用住房的销售管理等工作。