根据上述职责，自贡市自流井区水务局设4个内设机构：

（一）自贡市自流井区水务局办公室

负责机关文电、信息、机要、档案、安全、保密、信访以及后勤保障、督查督办、绩效管理等工作；组织办理人大代表建议、政协提案工作；负责重大会议和重要接待工作；负责局机关内部规章制度建设。

编制年度计划和资产方案；拟定行业经济调节措施；负责局机关财务管理工作；承担行业国有资产监管工作；承担和指导行业综合统计工作；负责局机关及直属单位财务和经济活动的内部审计工作。

（二）自贡市自流井区水务局行政审批服务股

负责区级水务、渔业的行政许可审批工作；负责相关规费的征收工作；负责拟定行政许可的实施细则。

（三）自贡市自流井区水务局综合股

拟订水务战略规划，组织编制重大水务综合规划、专业规划和专项规划；按规定指导农村水能资源开发工作。

拟定水务行业规范性文件并监督实施；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护和乡镇供水的水源规划工作；指导全区水政监察及普法工作；统一管理水资源，组织实施水资源有偿使用制度；组织水资源调查、评价和监测工作；拟订水量分配、水功能区划和水资源调度方案并监督实施；实施应急水量调度；负责计划用水和节约用水工作。

对涉水、涉渔活动进行执法检查，并查处违法行为；负责全区河道管理工作；负责河道采砂的统一监督管理工作。

拟订全区农村水利政策和发展规划并监督实施；指导农田水利基本建设和农村水利社会化服务体系建设；组织、指导农村饮水安全、农田灌溉与排水等工程建设与管理工作；组织、指导已建成水利工程的运行管理和除险加固工作。

编制水土保持规划并监督实施；承担水土流失综合防治工作；组织水土流失监测工作；负责全区水土保持预防监督管理工作。

负责水产渔政工作。拟订渔业资源保护和利用规划；负责全区渔业生产；指导水产品加工、流通和市场建设；负责水生生物自然保护区和水产种植资源保护区管理；实施渔业环境监管；负责渔船管理；指导渔业安全生产。

（四）自流井区人民政府防汛抗旱指挥部办公室

负责防治水旱灾害，承担区政府防汛抗旱指挥部的具体工作；组织、协调、监督、指挥全区防汛抗旱工作；负责对重要河流和重要水工程实施防汛抗旱调度；负责编制全区防汛抗旱应急预案并组织实施；负责行业突发公共事件应急管理工作；负责行业内安全生产监督管理工作。