根据上述职责，茂县交通运输局设4个内设机构：

（一）办公室

负责综合协调机关日常工作；负责机关政务运行和各项管理制度的起草并组织实施；负责局机关文字综合工作；负责以部门名义下发文件的审核、制发工作；负责重要会议的组织和会务工作；负责秘书事务、文书档案、公共关系、提案和议案办复、信访、保密、保卫工作；负责办公自动化工作；负责机关公共事务和行政后勤管理工作。负责本系统的政治思想工作和精神文明建设、党建工作及所属党的基层组织和党员的管理工作、理论学习和培训工作；负责局属单位的领导班子建设和领导干部管理等工作；指导本系统工会、共青团、妇联工作。负责全县交通运输发展战略、政策及行业管理的调研工作；研究有关政策、法规规章草案和规范性文件；负责交通运输行政执法监督检查工作；负责行政复议和应诉工作；负责交通运输体制改革相关工作；负责交通运输行政事业收费的监督管理工作，依据国家和省、州有关法律法规及规章等相关规定和要求，负责本部门行政许可及其他行政审批事项的受理、审批和办复工作；负责牵头组织行政许可及行政审批事项的勘查、论证、检验、检测、认证、审核、上报等（含年审、年检、收费）相关工作；负责行政审批决定送达和行政许可证件的发放管理工作；负责有关行政审批事项行政应诉工作；负责制定和完善本部门行政许可和行政审批项目的工作制度、工作程序以及行政审批专用章的使用和管理等工作，负责局机关及所属单位的干部人事、机构编制、奖惩、培训和专业技术职务评聘管理等工作；负责机关离退休干部管理工作，指导局属单位离退休干部管理工作；负责局机关及所属单位的目标管理工作。

（二）财务股

贯彻执行国家财经法律、法规，负责局机关财务管理工作；负责局机关的财务、固定资产管理、规章制度建设及管理；负责专项资金、局属单位的财务审计和监督工作；负责局机关国有资产管理工作，指导局属单位财务和国有资产管理工作；参与审查重要经济合同；负责国有交通运输基础设施建设资金的使用管理以及国有资产的监督管理和保值增值工作，负责全县县、乡道道路养护经费的计划、使用管理工作，负责编报会计报表、财务决算报告，撰写财务分析报告，负责会计档案的立卷工作，负责本系统的统计业务工作，配合行政办公室搞好机关后勤工作。

（三）运输安全股

拟订全县道路、水路运输的行业发展规划和管理标准；负责全县交通运输的组织和结构调整，指导运输技术装备建设，协调指导城乡各种运输方式衔接；负责重点物资、紧急客货运输和节假日旅客运输的组织协调工作；负责城市客运管理（含城市公交、出租汽车等）相关工作；负责全县农村客运站点建设管理工作；指导协调全县交通运输行业管理和城市道路交通管理；组织开展交通运输行业环境保护和节能减排工作；按规定承担物流市场有关管理工作。拟订全县道路、水路安全生产应急预案，并组织实施；负责安全生产和应急处置体系建设；承担有关道路、水路运输行业安全生产监督管理工作；负责协调、指导和监督水上交通安全管理工作；负责突发事件应急处置和依法组织或参与有关事故调查处理工作，做好交通战备工作。

（四）工程股

负责全县公路交通的规划（包括乡道及专用道）、计划、统计和发展工作，负责全县交通运输基础设施建设的综合协调、建设项目初步设计、外业勘测成果验收、施工图审查、变更设计及预算的监督管理工作；负责县管交通建设项目招投标的监督工作；负责交通重点工程的质量管理和竣工验收工作；组织查处交通运输基础设施重大质量事故；负责组织实施交通运输行业技术标准和规范；组织技术开发和科技成果推广，推动行业科技进步；负责全县交通运输信息化建设，监测分析运行情况。