市环境保护局设11个内设机构：

（一）办公室

负责机关政务工作，督促检查机关工作制度的落实；负责机关会议的组织和决定事项的督办；负责人大议案、建议和政协提案的办理；负责文电、机要、档案、保密、信访、接待、计划生育等工作；负责机关后勤服务等工作。

（二）组织人事处

负责机关及所属单位的机构编制、干部人事、劳动工资、出国政审、培训、专业技术职务评聘等工作；负责党的基层组织建设和思想政治工作；负责组织实施综合目标年度考评工作; 负责离退休人员的管理工作。

（三）政策法规处

起草相关环境保护地方性法规、规章草案；负责法律法规的宣传教育和政策咨询工作；负责依法行政监督检查和机关规范性文件合法性的审核工作；承办行政复议和应诉工作。

（四）宣传教育处

拟订环境保护宣传教育纲要并组织实施；开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作；组织实施绿色文明示范工程创建活动；承担局新闻审核和发布工作；推动公众和非政府组织参与环境保护，负责环境保护教育培训工作。

（五）规划财务处

组织编制环境保护功能区划、环境保护规划；负责提出全市环境保护领域固定资产投资规模和方向、市级财政污染治理专项资金安排的意见；组织开展环保目标责任和城市环境综合整治考核工作；负责创建国家环境保护模范城市工作；承担机关及所属单位的财务、国有资产管理、内部审计工作。

（六）污染物排放总量控制处

拟订主要污染物排放总量控制措施并组织实施；提出总量控制计划；考核总量减排完成情况；承担全市环境统计和污染源普查工作；负责全市核安全和辐射安全、放射性废物的监督管理；承担土壤污染防治、固体废物、医疗废物、危险废物、危险化学品等监督管理工作；参与污染事故的应急处理。

（七）大气污染控制处

贯彻落实大气、噪声、光、恶臭以及机动车尾气污染防治法规和规章；负责全市大气污染防治、预警机制的建立及组织实施工作；组织协调扬尘、机动车尾气的污染防治；组织实施大气污染物排放许可证制度、排放申报登记、限期治理和达标排放工作；参与大气污染事故的应急处理。

（八）水污染控制处

负责全市水污染防治的监督管理，组织实施水污染物排污申报登记、排污许可证、污染源限期治理和达标排放工作；推动城镇污水处理厂建设；参与节水型城市建设；负责流域水污染治理工作；参与水污染事故的应急处理。

（九）自然生态保护处

组织编制生态保护和农村环境保护规划；监督管理涉及影响全市生态自然资源开发利用、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；监督检查风景名胜区、森林公园等各类保护区及生物多样性、野生动植物、湿地环境保护工作；组织协调实施农村生态环境保护工作；指导全市生态示范区和生态农业建设。

（十）环境影响评价处

承担全市从源头上预防、控制环境污染和环境破坏的责任。组织拟订全市开发建设项目环境影响评价制度和“三同时”制度，并监督实施；按照审批权限对全市建设项目的环境影响评价文件和规划环评实施审批，对竣工项目组织实施环保专项验收；指导各分县局及开发区建设项目环境管理工作。

（十一）科技监测处

开展全市环境保护科技监测工作，负责全市环境保护科学研究、技术引进、环保科技成果推广工作；开展环境保护对外合作交流；监督各类环境质量标准和污染排放标准的执行；负责全市环境监测和信息发布，负责市环境监测站环境质量等监测数据的审核；负责全市突发环境事件的应急处理；指导和推动清洁生产、循环经济与环保产业的发展。

机关党的机构按照党章规定设置。

纪检、监察机构按照有关规定设置。