财务处
负责局机关部门预决算、财务与会计管理工作，指导局直属单位财务管理和会计核算相关工作；指导局机关和局直属单位国有资产管理和政府采购工作；提出行业发展有关财政、价格等政策建议；协调并参与交通运输建设资金筹集；指导交通运输规费征收管理工作。
审计处
承担局机关和局直属单位的内部审计工作；组织实施交通运输发展专项资金审计，指导全市交通重点工程建设项目审计工作；负责局直属单位主要负责人经济责任审计。
综合计划处
组织拟订综合交通运输体系总体规划和地方铁路、民用机场、公路、航道、港口、枢纽等发展规划；拟订交通运输行业投资政策；组织拟订交通基础设施固定资产投资计划；负责交通建设前期工作的组织协调和管理；承担交通扶贫和对口支援工作；负责交通运输行业统计分析和信息发布工作；承担交通运输利用外资和对外交流合作等工作。
建设管理处
拟订交通工程建设质量发展目标和政策并组织实施；承担交通建设市场监管和基础设施建设管理工作；监督管理交通运输行业和产业项目招标投标工作；协调综合交通重大项目建设，负责交通建设工程的程序管理，负责全市交通建设工程设计、施工、监理、试验检测等监督管理，负责交通建设工程的交竣工验收工作；组织开展交通工程质量审查审核；承担交通建设市场主体的资质资格和信用管理；依法处理交通建设过程中利益关系人的投诉。
运输处（城市客运管理办公室）
组织拟订全市道路、水路运输发展政策并监督实施；指导道路、水路运输市场和运输场站（枢纽）的管理工作；负责统筹农村客运发展、城乡客运一体化管理工作；负责机动车维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训管理工作；负责公共汽车、出租汽车等城市客运管理工作；协调重点紧急物资运输和春运、抢险救灾等综合运输服务有关工作；承担道路、水路运输市场信用管理工作。
公路处
组织拟订全市公路建设、养护、管理相关政策并监督实施；组织编制全市公路建设、养护计划；负责全市公路建设、养护的行业管理工作；负责拟订乡村振兴交通建设项目计划并组织实施；指导全市农村公路建设、养护和管理工作。
港航处
组织拟订全市港航发展政策并监督实施；负责全市港口岸线、陆域、水域的监督管理工作；牵头推进现代化港航建设、航运要素集聚和集装箱干线港建设；负责港航重大工程前期工作推进；负责港航资源整合、功能构建等港航重大发展事项的协调推进；承办“一带一路”等国家重点战略涉及港航发展的相关工作。
港务管理处
组织拟订全市港口经营相关的政策并监督实施，指导港口年度生产计划编制并监督实施，负责全市港口经营市场的监管；负责审核港口船舶进出港计划和引航服务的行业监管；组织港口设施保安评估，监督港口设施保安计划的实施；负责危险货物港口从业人员的考核和从业资格管理工作；负责生态港口建设工作；组织全市港口物流业运行及发展研究；负责港口生产业务信息统计、分析和报送工作。
地方铁路处（航空处）
参与拟订全市地方铁路的中长期规划和年度计划；参与全市地方铁路建设项目前期工作；协助县区政府实施地方铁路建设征地拆迁和有关协调工作；配合做好道口管理等工作；提出全市民用航空及航空产业发展规划有关政策建议；组织协调通用机场建设；对民用机场、民航企事业单位的经营行为和服务质量实施监督管理；组织涉地重大航空任务实施和涉地通用航空飞行服务保障工作；承担全市民用航空及航空产业统计、信息工作。
安全监督处（应急办公室）
组织拟订公路、水路安全生产政策和应急预案并监督实施；负责公路、水路运输安全生产综合监督；指导有关安全生产和应急管理体系建设，监督局直属单位和各县（区）交通运输部门安全监管工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作，监督事故查处的落实情况；承担交通运输应急管理工作。
科技信息处
拟订交通运输行业科技与信息化发展规划和实施计划并组织实施；组织交通运输行业科技项目攻关、创新技术引进开发应用和科技成果管理工作；指导协调交通运输行业信息化项目建设与管理；组织并指导全市交通运输行业技术质量、标准计量、知识产权、科技合作、生态环保、节能减排、行业创新体系建设和管理工作。
组织人事处
负责交通运输行业体制改革和队伍建设；负责局机关和局直属单位的机构编制、组织人事、劳动工资和干部培训工作；负责交通运输行业人才、职称、职业资格、技能鉴定工作；承办局机关和局直属单位出国（境）报批和政审工作。
宣传教育处
负责交通运输行业新闻宣传和意识形态、职工思想教育和精神文明创建工作；组织开展交通运输行业政策研究；牵头行业信用管理工作。
离退休干部处
负责离退休干部工作。
机关党委
负责局机关和局直属单位的党群工作。
交通战备办公室
负责全市国防交通战备动员工作。
行业工会
负责全市交通运输行业工会工作。
行政服务处
负责交通运输行政审批服务工作；负责“放管服”改革工作。
法规处
承担地方法规、行政措施的规划和起草工作，负责规范性文件的审核与备案；指导和协调处理全市交通运输重点工程项目有关的法律事务；组织和指导交通运输行业行政执法、行政复议、执法监督和执法队伍建设工作，承担普法宣传工作；承担全市交通运输行政执法的协调管理工作；承办局机关行政复议和行政诉讼案件。
办公室
负责局机关日常运转，承担文秘、信息、批示件办理、会务、信访、政务公开、档案、机要、保密、安全保卫、后勤、建议提案办理和专项重点工作督查等工作。
