根据上述职责，市林业局设3个内设机构：

（一）办公室（纪检监察室与其合署）

负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开等工作；研究提出全市林业政策的意见、建议；负责林业行政执法监督，协调行政执法中的重大问题；承担林业行政应诉、行政复议、听证及普法等相关工作；负责局机关及直属单位的人事管理、机构编制等工作；监督管理中央和省、市级林业资金；管理市级林业国有资产；负责局机关财务管理、劳动工资工作；负责林业统计工作。

纪检监察室负责局系统党风廉政建设工作，落实党风廉政建设责任制，协调、监督开好党内民主生活会；负责局系统纪律检查和行政监察工作，查处或配合有关部门查处局系统内有关违反党纪、政纪的案件。

（二）业务科(挂金昌市退耕还林工程建设办公室、金昌市三北防护林工程管理办公室、金昌市防沙治沙办公室牌子）

拟订林业建设的发展战略、中长期规划和年度计划；负责全市林业建设项目管理工作；按照规定权限审批、核准市级规划内和年度计划内固定资产投资项目；组织、指导各类公益林和商品林的培育、植树种草等生物措施防治水土流失、林业有害生物防治检疫、荒漠化防治、林业种苗工作；负责国有林场（苗圃）、森林公园的建设和管理；负责林业产业发展工作；负责林业系统安全生产和扶贫工作；组织开展林业科学研究和技术推广工作；承办林业标准化、林业技术监督的相关工作；负责国内外林业先进技术及智力引进；指导市林学会的工作。

（三）林政科（挂金昌市林政稽查支队、金昌市公益林管理办公室、金昌市护林防火指挥部办公室牌子）

组织开展森林资源、陆生野生动植物资源、湿地和荒漠的调查、监测和评估；拟订森林采伐限额，监督林木采伐、运输；承担林地林权的相关管理工作；承担林业系统自然保护区建设与管理，监督管理陆生野生动植物资源保护、利用和生物多样性保护；负责林业行政案件的督察、督办和查处。负责全市公益林界定、管理和集体林权制度改革工作。拟订森林防火工作总体规划和年度计划并组织实施；负责森林火情、火险的预测、预报和信息发布；拟订森林火灾扑救预案，组织、协调、指导专业森林扑火队伍及群众性森林扑火队伍的防扑火工作。