根据上述主要职责，防城港市防城区交通运输局设3个内设机构。

（一）防城港市防城区交通运输局办公室。

负责文电、会务、机要、档案、综合性报告、文件起草和政务信息、保密、信访、政务公开、综合协调等机关政务、事务工作；负责上级重要决策、批示的督促检查工作；负责局机关和二层机构的人事、工资、劳动和社会保障、机构编制管理工作；责局机关及局二层机构局管干部的宣传、教育、监察、计划生育、党务工作。

（二）防城港市防城区交通运输局规划建设股。

组织编制综合运输体系规划，承担有关协调工作；组织拟订公路、水路等行业发展规划，参与拟订物流业发展规划；承担有关规划和建设项目的前期工作、行业审核和后评价工作；提出专项资金安排建议，并监督实施；拟订全区公路、水路、交通战备规划和重点目标保障方案，并组织监督相关工作的落实；承担公路基础设施建设相关政策、地方标准、规范和管理规定的监督实施；承担公路、水运工程建设市场监督管理工作；承担公路、水运建设工程招标投标活动监督管理责任；承担公路、水运建设项目从初步设计到竣工验收的监督管理工作；依法审查、审批有关公路、水运建设项目设计文件、施工许可；承担公路、水运建设工程质量监督和安全管理工作；组织审查公路、水运工程重大技术方案、工程竣工验收工作；指导公路养护工作；负责全区交通运输行业统计与预测工作;承担有关安全生产、应急信息统计、分析等工作；负责交通运输行业的安全生产监督管理工作；依法组织协调或参与有关应急处置及事故调查处理工作；指导全区交通运输灾害预防及公路、水路工程抢险救灾工作；指导全区交通运输防汛、防疫、防震、消防等工作;承担区国防动员委员会交通战备办公室有关具体工作；负责局民兵应急分队工作。