根据以上职责，隆安县交通运输局内设4个机构：

（一）办公室（应急管理办公室）

承担局机关日常事务管理工作，协调机关各股室工作关系；负责文电、会务、机要保密、档案、综合性文件起草、政务信息、政务公开、综合协调、综合治理、计划生育、精神文明建设、后勤保障、应急管理、督促检查等机关政务、事务工作。负责机关党群、工、青、妇、纪检监察工作。负责局机关和直属事业单位的人事和机构编制管理工作；负责机关离退休人员管理及服务工作。对应市交通运输局办公室、政策法规科、人事科。

（二）运输管理与安全监督股（行政审批办公室）

承担全县道路运输市场、公共交通运输市场、水路运输市场和港口的监管工作，参与拟订道路运输、水路运输和公共交通运输相关政策、制度和标准并监督实施；牵头负责法律、法规、规章规定由局承担的行政审批事项；组织协调重要物资、紧急客货道路运输和水路运输工作；承担公路、水路基础设施建设和有关交通运输行业安全生产监督管理工作。指导道路运输、水路运输行业节能减排工作。对应市交通运输局道路运输管理科、水路运输管理科、公共交通管理科、安全监督与科教科、行政审批办公室。

（三）规划建设管理股

组织编制综合运输体系规划；承担综合运输体系规划与发展及建设的协调工作；承担全县公路、水路基础设施建设相关政策、地方标准、规范和管理规定拟订工作并监督实施；承担公路、水运工程建设市场监督管理工作；承担公路、水运建设工程质量监督管理工作；负责权限内的交通建设项目的设计审批、施工许可、质量监督和竣工验收工作；指导公路养护和港口维护工作。对应市交通运输局综合规划科、建设管理科。

（四）财务股

承担全县公路、水路、城市公共交通运输行业财务会计工作的指导、协调、服务和监督；承担县本级部门预算的组织编报、执行和管理工作；承担所辖收费公路的行业管理工作；承担局机关及直属单位国有资产及相关资产的监督管理工作;承担全县公路、水路、城市公共交通基础设施建设资金筹措和监督管理工作；负责局机关和直属事业单位的劳动工资管理工作。负责全县交通运输行业的综合统计工作。对应市交通运输局财务科。