根据上述职责，县水库移民工作管理局内设五个职能股室。

（一）办公室

协助局领导处理日常工作和协调机关政务工作；负责文秘、机要、人事、内部财务、资产管理和后勤服务工作；组织办理人大建议、政协提案以及移民来信来访工作。

（二）政策法规股

负责水利水电工程移民安置的方针、政策、规范和法律、法规的宣传工作，草拟全县水利水电工程移民工作相关政策、法规、规章和行业标准；负责水利水电工程移民规划实施、计划执行和移民资金使用情况的监督、检查工作；负责全县水利水电工程移民管理干部的培训工作。

（三）计划财务股

负责全县水利水电工程移民安置中长期规划和年度计划的编报及管理工作；负责全县水利水电工程移民资金的管理；负责全县移民管理工作的计划、财务、统计、检查、审核、协调移民资金的管理等工作。

（四）安置股

负责全县在建水利水电工程移民安置工作的管理和监督；全县在建水利水电工程建设征地补偿和移民安置规划和年度计划编报工作的指导、协调；全县在建水利水电工程农村移民实用技术培训工作的指导。

（五）后期扶持股

负责全县水利水电工程移民遗留问题处理和移民后期扶持工作的管理和监督；全县已建水利水电工程移民遗留问题处理规划和移民后期扶持规划及年度计划编报与实施工作的指导、协调；全县已建水利水电工程农村移民实用技术培训工作的指导。