根据上述职责，南充市高坪区交通运输局设8个内设机构和南充市高坪区交通战备办公室。
（一）办公室（信访和群众工作股）
组织协调局机关工作，负责文秘、信息、信访维稳、档案管理、机要、保密、值班、接待、史志年鉴、安全保卫、国有资产管理、机关后勤管理、社会治安综合治理工作；负责起草局重要报告和综合性文件；负责有关重要会议的组织服务工作；负责本系统督查督办、目标管理工作；组织办理人大代表议案、批评、建议和政协委员提案；组织拟定交通运输行业科技、教育发展规划、政策、制度并监督实施，制定年度科技项目计划；组织实施交通运输科技项目、科技信息交流工作；组织科技成果鉴定、评审、推广工作，培育交通运输行业科技市场；承担交通运输行业有关标准、计量工作；指导全区交通行业在职培训和职业技术教育工作；负责局机关并指导全区交通运输行业的精神文明建设和新闻宣传工作；承办局机关并指导所属事业单位的机构编制、人事管理、劳动工资、社会保险、离退休人员管理服务等工作；按照有关规定管理局属单位的领导班子；指导行业人才队伍建设、智力引进、专业技术等级的培训考核和劳动保护及职业病防治工作；负责交通运输行业职业资格、专业技术职称评审和聘用的相关工作；指导交通运输系统的思想政治工作。
（二）政策法规股
组织开展交通运输行业重大政策研究，指导交通运输行业体制改革工作和交通特许经营企业的行业管理工作；组织起草全区交通运输规范性文件；承担本系统、本部门推进依法行政工作的组织协调和督促指导；承担行政执法监督、行政复议、行政应诉和规范性文件审核备案工作；指导交通运输法制宣传教育工作；组织拟订交通运输行政执法装备标准规范、培训考试计划并监督实施，管理交通运输执法证件；指导全区收费公路的统一运行的有关管理工作。
（三）综合规划股
参与组织编制综合运输体系规划，研究拟订公路和水路行业发展战略、投融资政策，组织拟订公路、水路和运输枢纽等行业发展规划、中长期规划、年度计划并监督实施；承担交通运输项目的前期（预可研编制、报批、立项等）工作；协调落实项目业主的各项工作；审核专用公路规划，参与拟订物流业发展战略和规划；承担公路、水路重点建设项目的后期评价工作，承担地方交通建设项目审查工作；负责全区交通运输综合统计（数据收集、审核、经济运行分析、上报等）及预测工作；承担公路、桥梁、隧道收取通行费、站卡设置的协调和管理以及经营权转让的行业管理工作。
（四）建设管理股
贯彻执行国家、省、市交通建设行业政策、规章和技术标准；监督管理全区公路、水路建设项目实施；维护全区公路、水路交通建设平等竞争秩序；监督管理交通建设招投标工作；负责全区重点交通建设工程项目设计文件审查、施工许可审查和竣工验收；负责对交通建设工程项目的招标投标活动的监督执法；监督、指导交通建设工程项目的质量管理、造价管理和合同管理；指导全区公路、水路及其交通设施的维护和管理工作。
（五）运输管理股
参与制定综合运输发展规划，承担综合运输体系建设有关协调工作；负责制订全区公路、水路运输行业发展意见、发展规划及中长期计划；负责客运动力投放监督工作；负责道路、水路客货运输秩序监督管理；负责客货运输企业、车站、汽车维修企业、造船企业、汽车租赁企业、驾校经营行为监督管理；负责道路、水路重点运输的监督协调工作；组织拟订城乡客运的行业管理政策、标准和规范并监督实施；指导城乡客运及有关设施规划和监管工作，指导出租汽车行业管理工作；指导城乡交通的运营管理工作，指导城乡客运服务质量的监督管理工作；指导交通运输行业节能减排工作。
（六）安全监督股（应急办公室）
指导公路、水路行业安全生产，负责全区水上交通安全、道路运输企业源头(客货运输企业、站场、汽车租赁企业、汽车维修企业、造船企业、驾校)安全和公路、水路工程建设施工安全的监督管理；负责水上交通管制、运输船舶及相关水上设施检验、登记和防止污染、救助打捞、通讯导航、危险品运输的监督管理工作；负责船员管理相关工作；负责本行业重大安全隐患整治；负责对危桥险路和水上交通重大隐患的认定及治理工作；负责水陆运输安全事故抢险预案的制定；负责水上交通安全事故现场抢险组织实施；及时通报和处理重大交通安全情况；综合分析、统计水上交通和道路运输企业安全事故；按规定负责交通运输应急管理工作，组织拟订公路、水路安全生产实施意见和综合性安全生产、应急管理的相关制度并监督实施；指导交通运输行业应急处置体系建设和反恐工作；组织实施安全管理目标责任考核、监督检查和宣传教育工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作。
（七）行政审批股
承办区政府公布的有关行政审批事项。
（八）财务审计股
指导和监督全区交通运输行业的会计核算和财务管理；指导交通运输行业审计工作，组织拟订交通运输行业审计工作制度并监督实施；监督全区水陆干线基础设施国有资产的使用和管理；承担交通专项资金筹集、监督、管理和外汇、信贷及利用外资的财务管理工作；承担局机关并指导监督所属事业单位的财务管理、内部审计、国有资本和国有资产保值增值等工作；对局机关和所属单位直接承建工程项目的财务收支情况实施监督；指导和管理全区交通运输行业招商引资、利用国际金融组织及外国政府贷款，开展国际、省际和地区间经济技术合作与交流工作。
南充市高坪区交通战备办公室（区保护通信线路安全办公室）
起草贯彻交通战备有关政策的实施意见和措施；规范全区国防交通网络布局；对区内交通建设提出有关国防要求的建议；参与有关交通工程设施的勘测、设计、鉴(审)定和竣工验收；监督检查和协助组织国防要求的贯彻落实；拟订全区国防交通保障计划，组织国防交通专业保障队伍；平时担负抢险救灾等突发事件的畅通保障任务；负责全区的国防运力动员和运力征用；制定和实施全区国防交通物资储备计划，调用国防交通物资；组织全区国防交通科学技术成果的推广、应用；负责全区保护通信线路安全工作的组织、协调、检查督促工作；参与有关保护通信线路安全的综合治理工作；指导、检查、监督全区铁路、交通、邮电、民航等部门的国防交通工作，协调处理有关问题。
