根据上述职责，市国土资源局内设14个职能科（室）：
（一）办公室（行政审批服务科）
负责组织协调机关政务工作；负责文电、会务、机要、文书档案等机关日常工作；拟订各类报告和规范性文件；组织对人大、政协有关建议、提案的办理；承担信息、安全保密、新闻宣传、政务公开、督促检查、计划生育、综合治理、物质采购、接待、后勤保障等工作；负责对外受理本部门所有审批事项，可直接办理的事项即时办结，对需要由其他科室或直属事业单位办理的事项承担综合、协调、指导、督办的责任。
（二）法制科
负责国土资源和防震减灾政策研究；承担局内有关规范性文件合法性审核工作，推进国土资源管理和防震减灾依法行政；组织有关法律法规宣传教育普及工作；承担行政复议、行政诉讼及国土资源听证工作；组织和协调局内有关法律、法规、政策综合研究工作。
（三）规划科（宏观调控政策监测调研科）
编制并组织实施全市性及区域性的国土、土地利用、矿产资源等综合规划，指导和审核国土资源与防震减灾专项规划，承办参与审核报国务院、省政府、市政府审批的涉及土地、矿产相关规划；编制管理全市土地利用计划；承办建设项目用地预审、土地开发整理项目立项规划审查、矿业权设置方案审查工作，研究有关国土资源参与宏观调控、区域与城乡统筹协调、综合利用和循环经济政策措施；承办全市国土资源经济形势分析、国土资源公报编制、综合统计及局内专业统计归口管理工作。
（四）财务审计科
参与土地、矿产等资源性资产和市出资形成的矿业权权益的管理工作；承办国土资源和防震减灾专项收入征管相关工作；承办国家、省和市级财政拨付的有关专项资金、基金的管理工作，负责部门预决算、政府采购、国库集中支付和内部审计、国土资源和防震减灾项目资金审计工作；拟订并组织实施有关会计、财务、资产管理制度，承担局机关财务管理及资产管理等工作；承担直属事业单位、市城区（开发区）分局财务及国有资产监管工作。承担下拨县（市）土地整理、低丘岗地改造等专项资金的检查监督工作。
（五）耕地保护科
承担耕地保护责任目标考核工作，拟订并组织实施耕地保护和基本农田保护措施与制度，监督占用耕地补偿制度执行情况，确保规划确定的耕地保有量和基本农田面积不减少；组织实施未利用地开发、土地整理、废弃地复垦和耕地开发监督工作，负责组织国家级、省级投资土地开发复垦整理、高产农田建设项目的立项申报工作，承办市级批准的土地开发复垦整理、高产农田建设项目的立项审批和验收工作；组织实施土地用途管制、农用地转用和土地征收征用，承担各类建设用地涉及占用耕地占补平衡方案的审查、监督检查工作；指导和监督管理临时用地；拟订并实施全市征地综合区片价标准和统一年产值标准、地面附着物补偿标准。落实被征地农民的安置政策，组织征地制度改革研究。
（六）地籍管理科
负责组织全市地籍管理、土地调查、土地动态监测、土地统计、土地专项分析等工作；组织实施土地权属调查及地类确认工作，指导全市土地确权与土地登记，承办市城区土地确权与土地登记；指导和负责调处全市重大土地权属争议和跨县（市、区）与市城区的土地权属争议；负责全市地籍信息系统管理和土地调查及年度数据的更新、统计、汇总与分析；承办各类土地登记资料的整理、共享和汇交管理。
（七）土地利用管理科
负责并组织实施全市国有建设用地供应、土地价格、土地资产管理工作，监测土地市场和建设用地利用情况，规范和监管建设用地的土地用途和使用条件；拟订并组织实施市城区国有建设用地使用权出让年度计划和具体地块供地方案，承办市城区国有建设用地使用权出让、转让、抵押、划拨、租赁工作；负责贯彻落实国家禁止和限制供地目录、划拨用地目录以及建设项目用地标准、投资强度等供地政策；承办国有企业土地资产作价出资、授权经营的审核报批工作；会同农业部门监督管理农村集体建设用地土地使用权流转；组织实施节约集约用地评价和建设用地分等定级工作，组织编制、申报及实施基准地价、标定地价评测，对土地市场和地价实施动态监测；负责土地出让价款的征缴；承担土地价款评估备案审核工作；承担建设用地批前、批中、批后全程监管工作。
（八）矿产开发管理科
承办市级采矿权审批登记和转让审批登记，负责审核部、省级采矿权审批登记和转让审批登记，指导县（市）级采矿权审批登记和转让审批登记；负责矿产资源保护项目的申报工作；组织编制矿业权设置方案并监督实施；承办全市矿业秩序整顿、规范和优化资源配置工作；负责全市重大采矿权权属争议和市城区采矿权权属争议调处工作；负责矿产资源开发利用与保护的监督管理和矿业权市场监管；负责市级采矿权价款征缴；负责市级采矿权开发利用方案的审查备案；负责采矿权信息系统管理和相关数据更新、统计、汇总与分析。
（九）矿产资源储量科（征稽科）
组织全市矿产资源储量评审，负责全市矿产资源储量登记、统计和矿产资源储量信息系统管理与相关数据更新及分析；负责矿山闭坑和全市矿山储量动态监督管理；承办矿产资源补偿费稽查征收和采矿权使用费的征缴；负责矿产地储备和压覆矿产资源管理的审核；负责矿业权评估管理，承办全市地质资料收集与规范管理、汇交并依法提供社会查询服务，实现地质资料信息服务集群化产业化；组织矿产资源形势分析和战略研究。
（十）地质环境科（地质勘查科）
组织协调全市地质灾害防治工作；编制和组织实施全市地质灾害防治规划和矿山地质环境保护规划；组织开展地质灾害群测群防、应急调查和重大地质灾害勘查治理；负责全市矿山地质环境恢复治理的监督管理；负责全市建设用地项目的地质灾害危险性评估的审查备案；负责市级发证矿山的环境保护与恢复治理方案的审查备案；组织申报国家、省级财政出资的地质灾害治理、矿山地质环境恢复治理项目；承办市地质灾害防治工作领导小组办公室日常工作；协助省国土资源厅对国家和省级财政出资的地质灾害治理和矿山环境恢复治理项目的监督和检查验收；承办地质遗迹、矿业遗址等重要保护地的监督管理工作；负责市级发证矿山备用金的收存、监管与使用。编制和组织实施地质勘查规划与计划；会同有关部门管理水文地质、工程地质、环境地质勘查和评价工作；负责申报国家、省级财政出资的地质勘查项目，组织实施市级重大地质勘查专项和大中型危机矿山深部及周边找矿，延缓矿产资源枯竭趋势；组织实施与管理全市重大地质灾害和市城区地质灾害勘查工作；承办全市新立、延续、变更的地质勘查项目审查和实施的监管；协助省国土资源厅管理地质勘查资质和国家、省级出资地质勘查项目。
（十一）执法监察科（信访科）
负责对全市土地资源、矿产资源和矿山地质环境保护法律法规执行情况的监督检查；建立健全防范国土资源违法的执法监管长效机制；拟订并组织实施国土资源执法监督和违法案件查处的规定；承办和指导卫星遥感土地执法、矿产资源执法检查，负责建立并组织实施土地执法监察观测分析制度，调查处理全市国土资源重大违法案件和市城区国土资源违法案件；指导和监督管理全市国土资源执法监察工作；负责国土资源违规违法案件统计、分析和归口上报；负责全市国土资源信访维稳工作；负责来电、来信、来访的接待、登记、受理、交办及督办，承办上级交办和全市重大的信访案件；负责网上信访信息的收集整理和处理、回复；负责信访复查、复核和信息分析统计工作；组织协调处理与信访有关的突发事件。
（十二）防震减灾办公室
负责对全市防震减灾法律法规执行情况的监督检查；负责防震减灾知识的宣传教育工作；制定全市破坏性地震应急预案；负责地震应急救援演练等工作；负责地震监测信息和地震预报工作；负责震情、灾情速报及地震灾害损失评估；负责推广应用地震科技成果，组织实施地震监测分析预报科研项目；会同有关部门建立地震紧急救援工作体系；负责地震烈度小区划和地震安全性评价工作；管理全市以地震动参数和烈度表述的抗震设防标准，并检查执行情况；组织开展农村居民实用抗震技术的研究和开发工作；编制防震减灾工作的中长期专项规划，制定年度工作计划并组织实施；按照市政府的要求，建立地震重点监视防御区的地震应急救援物质储备系统。
（十三）政工科
负责全市国土资源系统领导班子建设和干部队伍建设；承办局党组议定事项的综合协调和督办落实工作；负责局机关、直属事业单位和市城区（开发区）分局的机构设置、人员编制、领导职数的管理工作；承办县（市）国土资源部门副科级以上（含副科级）干部的考核、奖惩、选拔、任用和工资审批、档案管理等工作；协助省国土资源厅人事处做好副县级以上干部考核、奖惩和工资调整工作；组织实施干部职工教育培训工作；按干部管理权限负责出国（出境）人员政治审查工作；负责局机关及直属事业单位退休干部职工管理工作，指导市城区（开发区）分局退休干部职工管理工作。
（十四）机关党委办公室（监察科）
负责党组会议的组织、议程安排及会议材料的审核工作；负责局机关及直属事业单位和市城区（开发区）分局的党组织建设、思想政治建设、精神文明建设；负责工会、共青团、妇委会等群团工作；制定并实施局党组中心组、党员干部学习计划；负责局机关及直属事业单位纪检监察工作。
