秋后灭茬。许多虫害、病菌在紫花苜蓿的地表残茬上越冬，冬季进行灭茬处理，会消灭大量的病虫害原体，减少次年初侵染源。
机械灭茬：机械耙将残茬破碎、掩埋、改变残茬对病虫害的形成的原有生存条件，达到消灭的目的。此种方法处理，残茬依然留在田间，消灭作用有限，还要结合其他防治措施共同来使用更好。
焚烧：彻底有效的方式，对残茬上的病虫害原体杀灭率几乎是百分之百，很经济。但是要注意防火，许多情况下不适用。
灌溉：灌溉能恶化病虫害的生活条件，抑制和杀死病虫害原体，尤其是冬季灌溉的效果更为明显，同时，冬季灌溉有利于苜蓿越冬和翌年返青。
农药防治：秋季收割后至次年返青期间使农药，既能有效的杀灭各种病虫害，又能最大限度的减少次年紫花苜蓿产品中的农药残留量，是一种较佳的农药使用期。
