根据上述职责，黔南州水利局设9内设机构：

（一）办公室

协助和处理机关日常工作；制定并组织实施内部工作制度，起草重要文稿；负责文秘、政务、督办、会务、机要、档案、信访、财务、公产、目标管理、后勤行政、社会治安综合治理等工作；办理提案议案；机关车辆管理；

（二）政工科

按管理权限负责局机关和下属单位的机构编制、干部和职工人事、劳动工资、教育培训和专业技术人员的管理工作；指导全州水利行业职工人事、劳动工资、教育培训和专业技术人员的管理工作；指导全州水利行业职工队伍建设工作；负责机关干部考勤考核制度的执行；负责局机离退休干部工作，指导所属事业单位的离退休干部工作。

（三）水资源办公室（黔南州节约用水办公室）

负责全州水资源的统一规划、管理和保护工作；组织实施水资源取水许可、水资源论证、水资源有偿使用等制度，组织、指导水资源费征收管理工作；组织水资源调查、评论和水质水量的监测工作；组织、指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制水资源规划；组织、指导饮用水水资源保护、城镇供水的水源规划、城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作；指导、监督计划用水和节约用水工作；承办水资源公报的编制与发布工作。

（四）计划财务科

拟定全州水利发展战略和中长期发展规划；组织拟定水中长期供求计划；负责水利基建项目建议书和可行性报告的审查工作；组织编制流域水系综合规划和专项规划；协调流域水系的开发工作；按照流域规划的要求对中型以下水利、水电工程建设的选址、库容规划提出意见；竣工验收；负责编制水利建设项目投资计划；承办水利综合统计工作；研究提出有关水利方面的价格、税收、信贷、财务等政策性意见；对水利资金的使用进行管理；负责水利国有资产的监督管理；指导局机关和局属单位的财务工作；指导全州水利综合经营工作。

（五）水利建设科

组织指导具有控制性或跨县（市）骨干水利工程的建设；负责水利建设项目建议书、可研、初步设计的审查、审批工作；指导和监督水利工程建设质量标准和规程、规范的实施；指导全州水利工程建设项目法人制、招标投标制和建设监理制的监督实施，指导全州水利建设市场以及水利水电工程招标的监督管理；负责本行业勘察、设计、施工、监理、招标代理机构资格的初审和申报工作；指导全州农田水利基本建设和农村水利工作；指导、管理全州“五小”（小塘坝、小水池（窖）、小泵站、小堰闸、小渠道）水利工程项目的实施；指导农田水利建设管理制度的改革；指导和协调烟水配套工程的建设与管理。（

（六）饮水安全科

指导县城供水、乡镇供水、农村饮水安全工作；组织拟定农村饮水工程建设规划和年度实施计划，并监督实施；负责权限范围内农村饮水工程设计方案审批；指导县城供水、乡镇供水、农村饮水工程运行管理；指导饮水工程水质监测工作；指导农村饮水新材料、新设备、新技术的推广应用；研究提出农村饮水的方针政策和发展规划；指导灌溉排水和节水灌溉工作，组织拟定大中型灌区节水改造发展规划并监督实施；指导地下水开发利用工作。

（七）水利管理科

指导和管理全州已建成水利工程的安全运行；审查重点水库度汛方案并监督实施，指导水库调度运行；负责水库大坝登记注册及安全鉴定；负责病险水库治理规划、补设审查并实施监管；负责全州城乡供水工程的运行管理；负责水利工程多种经营的计划、指导与协调；协助开展灌区水利工程的技术改造工作；负责国营水利工程管理岁修项目审批；指导和管理全州水利工程经营管理，拟定水利工程经营管理任务指标；负责水利工程经营管理制度的改革工作；负责水利工程供水价格核定和水费计收管理；负责水利工程经营管理年度报表统计；负责河道管理。

（八）政策法规科

宣传、贯彻《中华人民共和国水法》等法律法规；承担普法教育工作；草拟有关涉水地方性法规草案；对本局起草的规范性文件进行合法性审核并组织报审；指导行政许可工作并进行监督检查；承担州内重大涉水违法案件的查处，协调部门间或县、市间的水事纠纷；承办行政应诉、行政复议、行政赔偿工作；指导水政监察和水政执法工作。

（九）防汛抗旱科

宣传、贯彻《中华人民共和国防汛法》、《中华人民共和国防汛条例》、《贵州省防洪条例》及有关法规、贯彻国家、省有关防汛抗旱工作方针、政策及国家防汛抗旱总指挥部和省防汛抗旱指挥部的决定和调度命令等，掌握防汛抗旱的情况和消息，组织有关部门会商，为防汛抗旱指挥决策提供科学依据；负责发布州防汛抗旱指挥部的公告、决定还命令，并监督实施；负责全州中型水库防洪调度运用计划的编制及小型水库防洪调度运用计划的审批；指导各县（市）编制防御洪水预案和水库应急抢险预案；开展防汛抗旱物质、器材、经费计划的编制、调整与管理，并监督使用。负责州防汛抗旱指挥部日常工作。