（一）办公室

组织协调局机关政务工作；起草公文；负责文秘、政务信息、机要、保密、信访、档案和机关及下属单位人事管理、劳动工作、机构编制管理、职工培训以及机关精神文明建设、计划生育、后勤保卫工作，组织实施交通系统行政执法、行政执法监督、行政诉讼和法制建设。

（二）财务审计股

负责全县交通基础设施项目建设资金及交通运输经费的管理和票据管理，审核拨付各类项目资金；管理局属国有资产；指导实施交通系统内部审计工作。

（三）物流办

负责编制物流规划，培育和规范物流市场，经常性开展物流产业综合分析，推动物流产业发展。

（四）业务股

负责指导实施交通企业体制改革工作；指导实施全县公路、水路运输生产安全管理和水上交通安全监督；维护交通系统安全与稳定；办理交通系统转制企业社保和医保等工作。

（五）龙南县交通战备办公室

为县国防动员委员会的办事机构（与龙南县交通运输局武装部合署办公）。其主要职责是：制定交通战备建设规划；对地方交通、通信建设规划和交通通信设施建设提出国防要求，编制战时保障方案；组织实施公路畅通和交通运输保障工作；负责组织实施交通系统民兵组织建设、军事训练、政治教育、拥军优属工作和完成各项急难险及战备执勤任务。

（六）行政审批服务股

负责全县道路运输、县乡公路、港肮等方面的行政审批事项和非行政许可事项的具体审批办理和服务工作；依照《行政许可法》的规定，承担本单位所有行政审批事项的统一受理行政许可申请和统一送达行政许可决定的职责；负责本单位其他审批事项的转交审批或审批联络工作等。