根据上述职责，昆明市卫生局机关设17个内设机构（正科级）和纪检监察室、机关党总支、离退休人员办公室。
（一）办公室
（二）规划财务处
（三）医政处
（四）医疗服务监管处
（五）疾病控制处
（六）卫生应急办公室
（七）中医处
（八）妇幼卫生处
（九）基层卫生处
（十）新型农村合作医疗管理处（新型农村合作医疗办公室）
（十一）法制监督与食品安全综合协调处
（十二）科技教育处
（十三）艾滋病防治处
（十四）药物政策与基本药物制度管理处
（十五）爱国卫生运动委员会办公室
（十六）组织宣传处
（十七）人事处
