(1)系统的结构设计更大意义上是在分析被控对象利U塑模型的基础上建立起来的，而不是从广义的多变量控制角度来考虑的。由于这个原因，在系统设计时无法考虑协调控制系统的不确定性扰动，系统非线性、鲁棒性能等问题。
(2)由于第一个特点，造成控制系统的设计(前馈、反馈，解藕等)以及控制系统参数的调整总是基于被控对象的机理模型来完成，往往未充分考虑系统的稳定性间题。
(3)系统结构复杂，可调整参数太多。系统结构复杂造成维护和操作的复杂化。太多的可调整参数实际上反映了系统的鲁棒性差的问题。
(4)系统设计中未充分考虑锅炉侧的大时延。大惯性问题。不考虑锅炉侧大时延的补偿问题，就很难在快速的汽轮机控制回路和相对较慢的锅炉控制回路之间找到一个协调的平衡。
(5)表征能量平衡关系的间接参数的准确性和适应性问题。这些参数的准确性决定了基于能量平衡的协调控制系统的有效性:
