根据上述职责，曲靖市财政局机关设20个内设机构和机关党委。
（一）办公室
负责文电、会务、督办、机要、宣传、信息、信访、保密、档案、接待联络、办公自动化、后勤服务、综合治理、精神文明、统战、财政年鉴等工作，起草和修改有关重要报告和文件，办理人大代表建议及政协提案，承担机关的财务、政府采购、国有资产管理工作。
（二）综合科
分析预测宏观经济形势并提出有关意见建议；研究提出中长期财政规划建议；研究拟订有关收入分配政策和改革方案；管理住房改革预算资金；负责监管住房公积金；会同有关方面拟订土地等收入政策；参与研究拟订政府非税收入管理制度和政策；负责行政事业性收费项目的审核、报批工作；监管彩票市场，按照规定管理彩票资金等政府性基金，负责财源建设工作。
（三）法制税政科
负责贯彻实施国家财政法律、法规、规章和政策，承担机关有关规范性文件的合法性审核工作，审核其他部门拟订的规范性文件中涉及财政的条款；负责机关行政执法监督和评议考核工作；负责审核办理市级国家赔偿费用事项；承担有关听证、行政复议、行政应诉工作；组织开展法制宣传教育，提供法律咨询服务。贯彻落实和监督执行国家税收政策，参与研究地方税收发展战略，提出税收政策建议；负责拟订地方税收政策落实方案，审核规范性文件中涉及税收政策问题的条款；负责调查税收法律、法规及政策的执行情况并提出有关政策建议；承担税源和重点产品国际竞争力调查工作；按照规定办理有关税收减免、退返等事项；承担财政政策研究工作；组织和管理政策性课题研究。
（四）预算科
贯彻执行中央、省的财政管理体制和预算管理、政府性债务管理等政策规定，并拟订本地有关管理制度、办法；承担省对曲靖市的财政转移支付工作，拟订市对县（市）区转移支付方案，办理市对省、市对县（市）区财政结算；分析、预测、报告全市财政经济运行情况并研究提出有关建议；参与研究全市收入分配政策；汇总编制全市及市本级年度财政预决算草案，编制市本级预算调整草案；承担市本级支出标准体系建设和部门预算基础信息库管理工作；承担市本级部门预算审核、批复、调整工作；负责财政预算指标管理、政府性债务统计管理、财政供养人员信息统计管理、基层政权建设项目资金申报管理、退税审核等有关工作。
（五）国库科
组织预算执行、资金调度及分析预测，组织实施总预算会计、行政单位会计制度及政府会计制度，组织实施国库管理制度、国库集中收付制度，组织实施政府非税收入国库集中收缴，管理财政和预算单位账户，管理财政总决算、部门决算，管理总会计核算、财政资金专户集中会计核算、预算外专户集中会计核算，承担国库资金管理的有关工作，承担财税库银联网工作。
（六）行政政法科
承担行政、政法等方面的部门预算管理工作，研究提出有关财政政策，审核提出下年度专项资金支出预算建议，拟订行政、政法和外事经费的财务管理制度，拟订项目资金使用的财务管理办法，负责办理驻曲武警部队等有关经费事项。
（七）教科文科
承担教育、科学、文化等方面的部门预算管理工作，研究提出有关财政政策，承担《事业单位财务通则》及有关行业财务制度的监管工作，拟订教育、科学、文化等部门（单位）经费和项目资金使用的财务管理办法，承担义务教育经费保障机制改革的具体工作，参与所联系部门行业发展规划和有关政策、制度的研究制定工作。
（八）经济建设科
承担交通、国土资源、建设等方面的部门预算管理工作，拟订市级基本建设财务管理实施细则，参与拟订市级建设投资的有关政策，负责审核和执行市级基本建设资金预算，承担有关政策性补贴和粮食储备资金的管理工作，参与所联系部门行业发展规划和有关政策、制度的研究制定工作。
（九）农业科
承担农业、林业、水利、扶贫等方面的部门预算管理工作，拟订全市财政支农政策、有关行业事业财务管理制度和财政支农资金管理办法，负责宣传财政农业政策，管理支农专项资金，管理扶贫专项贷款贴息，统筹安排财政扶贫资金，承担农民补贴“一折通”平台的综合管理工作，参与所联系部门行业发展规划和有关政策、制度的研究制定工作。
（十）社会保障科
承担民政、卫生等方面的部门预算管理工作，研究提出有关财政政策；负责编制市级社会保障预决算草案，审核社会保险基金预决算草案；负责社会保障专项资金的管理工作；会同有关方面管理市级财政社会保障和就业及医疗卫生支出，拟订有关资金（基金）财务管理制度并实施监管；参与社会保障制度改革有关政策的研究、制定；承担社会保险基金财政监管工作等。
（十一）企业科
承担工业、商贸等方面的部门预算管理工作，研究拟订支持企业改革和发展的财政政策，监督执行企业财务制度，负责办理企业年度财务决算编审工作，研究拟订市级财政支持国有及国有控股企业、非公经济发展等方面的扶持政策，负责融资担保机构的行业管理工作，参与企业项目推进、申报等工作。
（十二）外经金融科
承担有关国际金融组织贷（赠）款管理工作，承担有关国际财经合作事项，负责管理地方非贸易非经营性购汇人民币限额指标审批、核销手续。承担金融等方面的部门预算管理工作；负责地方金融企业的资产和财务监管，负责地方金融企业经营绩效评价，制定有关监管制度；研究地方金融企业有关财税政策；按照规定管理财政贴息、补贴等政策性金融业务；负责中央专项借款管理；按照规定管理外国政府贷（赠）款；负责财政农业保险保费补贴管理工作。负责小额贷款公司监管工作，支持村镇银行等地方性金融机构发展；参与整顿和规范全市金融秩序，防范和化解金融风险；加强全市社会信用体系建设，促进地方金融资源优化配置，推进地方金融机构改革。
（十三）会计科
管理全市会计工作，负责监督实施国家统一的会计制度、内部控制规范、注册会计师行业规章制度，拟订会计管理办法，管理村级会计委托代理服务工作，承担会计专业技术资格、会计从业人员的管理工作，拟订和实施会计人才培养规划，负责会计从业资格证的核发与监管，管理会计电算化工作，负责联系曲靖市会计学会、中华会计函授学校和珠算协会的工作。
（十四）监督检查科
拟订全市财政监督制度，监督检查财税法规、政策的执行情况；检查反映财政收支管理中的重大问题，提出加强财政管理的政策建议；负责组织和协调全市重大和专项财政监督检查，指导全市财政系统财政监督工作；负责组织全市会计信息质量监督检查；负责廉政建设有关工作等。
（十五）政府采购管理科
拟订政府采购管理制度和政策并监督执行，拟订政府集中采购目录、限额标准和公开招标数额标准；负责政府采购信息管理有关工作，管理政府采购网站；承担政府采购代理机构资格认定的有关工作；拟订政府采购评审专家管理办法，监督政府采购评审专家库运行；承担审批市级政府采购有关工作；审核市级政府采购预算和资金的支付；依法受理市级政府采购投诉事项；依法受理县级政府采购行政复议事项；依法调查处理政府采购各当事人的违法行为。
（十六）绩效管理科
负责拟订全市财政支出绩效管理有关政策、制度和办法，组织制定全市财政支出绩效评价指标体系、评价标准和本级财政支出绩效管理规划和年度工作计划。在财政支出项目预算编制、执行、监督、评价过程中对市级部门上报的年度财政支出项目进行绩效目标审核，根据绩效目标对预算执行情况进行监督检查，对预算执行结果进行绩效评价。
（十七）行政事业资产管理科
负责拟订全市行政事业单位资产管理制度、办法，承担市级行政事业单位国有资产的监管工作，负责建立市级行政事业单位国有资产评价体系，拟订市级行政事业单位优化资产配置政策和配置标准，承担市级事业单位转企改制工作中有关国有资产的监督管理，负责市级行政事业单位国有资产购置、处置、出租、出借和事业单位利用国有资产对外投资、担保等事项的审批。
（十八）科技科
负责组织、协调和指导全市财政信息化建设工作，研究拟订财政信息化建设有关管理制度和办法，拟订财政信息化建设发展规划并组织实施，组织拟订财政信息化建设的有关规则和标准，负责机关信息化建设项目和资金的管理工作。
（十九）曲靖市农业综合开发办公室
拟订农业综合开发管理制度的补充规定，编制农业综合开发规划，组织项目前期调研准备工作和项目申报工作，建立全市农业综合开发项目库，编制上报年度项目计划；提出农业综合开发项目立项及市级资金安排建议；审批各县（市）区农业综合开发项目及初步设计；负责年度农业综合开发项目统计工作；监管中央、省级、市级财政农业综合开发资金，办理上级和本级财政资金拨借；监督检查农业综合开发资金使用和项目执行情况，组织农业综合开发项目验收；组织开展业务培训工作。
（二十）人事教育科
承担机关的机构编制、人事工作，拟订并组织实施财政系统教育培训规划，拟订教育培训有关工作制度，组织指导财政系统干部的学历教育和业务培训，办理机关人员因公出国（境）的有关手续，负责机关离退休人员工作，负责联系曲靖财经学校的工作。
机关党委
承担机关和所属单位的党群工作。
曲靖市非税收入管理局
制定政府非税收入征收管理实施办法，负责政府非税收入征收的监督管理，审核市级部门（单位）政府非税收入年度收入预算，承担市级政府非税收入的核算和全市政府非税收入统计分析工作等。
曲靖市农村综合改革领导小组办公室
贯彻落实中央、省的农村综合改革方针、政策，研究起草全市农村综合改革规划、方案和政策措施，负责协调、督促、指导、检查和推动农村综合改革工作，承办曲靖市农村综合改革领导小组的具体工作。
曲靖市政府采购办公室
负责执行政府采购政策，了解市场动态，制定招标文件，发布政府采购信息；负责市级国家机关和事业单位的政府采购日常工作，按照年度采购目录，依法实施各项采购；负责组织技术专家小组对政府采购项目进行技术论证、咨询和评标；负责招标投标及采购款项支付等具体工作。
