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机械制造系统工程国家重点实验室是一个跨学科的实验室，主要支撑学科是西安交通大学的机械制造及自动化、系统工程和管理科学与工程学科。这三个学科均是国家重点学科。在2001年底进行的全国高等学校重点学科评估中，系统工程、管理科学与工程学科排名全国第一，机械制造及自动化学科排名全国第四。同时，实验室同计算机科学与技术、数学学科建立了比较紧密的合作关系。
