根据上述职责，市城管委（市城管执法局）设15个内设机构：
综合协调委（局）机关日常工作；建立健全机关各项规章制度；协调实施年度工作目标责任制；承办机关文电、重要会务、政务信息、机要、保密、档案、信访、提案议案、安全保卫、行政后勤等日常工作。
承担委（局）机关和直属单位的机构编制、组织人事和队伍建设等工作；指导全市城管执法队伍建设和管理工作；承担委（局）机关离退休人员的管理工作。
（挂行政审批处牌子）
承担有关城市管理地方性法规和政府规章草案的起草工作；组织拟订全市开展相对集中处罚权工作有关行政处罚的实施细则；承担有关重大课题的调研工作；承担本部门行政规范性文件的审查工作；指导推进依法行政和普法宣传、教育工作；承担城市管理和行政执法重大案件的审核工作；承担协调城市管理和行政执法中的行政复议和应诉工作；承担委（局）集中行政审批项目的审批及行政审批制度改革相关工作。
组织编制并实施城市管理和行政执法工作专项资金计划，监督管理各类专项资金计划执行情况；承担城市管理和行政执法的资金平衡和计划调节工作；承担全市行政执法队伍装备和服装的计划配置、采购发放和结算工作；承担委（局）机关财务管理工作，制定部门财务、会计、经费开支等管理制度，并监督实施；承担编制并组织实施部门年度财政预算职责；承担对直属单位财务的管理与内部审计工作。
组织拟订全市城市管理的发展战略、中长期规划和年度计划; 组织拟订市政设施、公用事业、市容景观、环境卫生等专项规划和行业发展规划；组织拟订全市城市管理和城市管理行政执法科技创新发展中长期规划和年度计划；指导和推进市政、公用、市容、环卫行业技术引进和科技成果的推广应用；组织拟订并实施城市管理目标管理责任制;组织开展城市管理体制、机制等重大课题的调研；承担协调全市社区城市管理服务站的工作；承担市城市管理领导小组办公室、市数字城管工作领导小组办公室的日常工作。
基础设施运行管理处
组织实施国家、省、市有关市政管理的法规、规章和标准；拟订有关市政（含城市河道）行业管理标准和市政基础设施设备更新改造计划，并组织实施；参与城市市政基础设施建设项目的规划定点、方案设计、竣工验收等会审工作；承担市政设施、城市河道设施设备大修、中修及改善方案的审核工作；组织实施市政设施综合验收工作，协调并监督管理城市市政基础设施建成后移交和接收工作；指导和监督城区道路停车收费管理工作；组织实施无障碍设施建设工作；组织开展市政管理（包括城市河道）方面的专项执法和集中整治工作；承担市运河截污纳管工作领导小组办公室的日常工作。
（挂市节约用水办公室牌子）
组织实施国家和省、市有关公用行业管理的法规、规章和标准；组织拟订并实施全市公用行业管理制度；承担全市供水、燃气行业管理工作；承担燃气设施建设的审批工作；承担供水许可审批和水质监管职责；受委托承担杭州西湖风景名胜区内地下水资源的保护、开发、利用和核发取水许可证工作。承担公共自行车的规划布点工作；组织开展供水、节水、燃气方面的专项执法和集中整治工作；承担市城市节约用水领导小组办公室的日常工作。
组织拟订并实施城市景观照明管理标准和市区重点区域夜景照明监控方案；参与城市景观相关建设项目方案设计的会审工作；牵头全市“亮化”工作，指导协调全市亮灯工程建设；组织拟订并实施城市景观照明设备更新改造计划；组织推进景观照明新技术、新工艺、新产品的推广应用；组织实施照明设施综合验收工作；承担户外广告设置审批和监管工作；组织开展户外广告、城市照明方面的专项执法和集中整治工作；承担市亮灯工程领导小组办公室日常工作。
