(1)定时倒换电极。一般情况下，极化沉淀大都结在浓水室的阴膜表面上，倒换电极后，浓、淡水室作了相应的变更，原来结在阴膜上的沉淀逐渐溶解(或者说促使沉淀脱落)，而在阴膜的另一面又渐渐沉积起来。定时倒换电极，造成了沉淀水垢的不稳定状态，起到了消除沉淀和减轻结垢的作用。一般2～8h倒换一次电极，国内外采用频繁自动倒换电极，时间为15-30min。
(2)定期酸洗。电渗析器运行中总有少量沉淀水垢产生，累积到一定程度后，即使用倒换电极的方法也不能有效地排除，此时就须进行酸洗处理。实践证明，定期酸洗，是不拆设备消除沉淀结垢的简便有效方法。酸洗周期视具体情况而定，一般1～2周酸洗1次。用1%～2%的盐酸作酸洗液 。
