森林保护专业课程体系由理论课程、实践教学环节、毕业论文（设计）和创新创业训练四大部分构成（见森林保护专业课程体系框架图） 。
通识类课程
通识教育课程由公共基础课程和公共选修课程构成，其基本学分比例控制在总学分的15%~20%。公共基础课程应在不同学科间构建共同的基础知识平台，主要包括思想政治理论课、外语、体育等。公共选修课课程分为思政类、语言类、理化学分析类、数理分析类、信息技术类等。学生选修与该专业重复或相近课程，不计入通识教育学分。
（1）人文社会科学知识包括哲学、社会学、历史学、文学、美学与艺术、心理学等方面的基础知识。
（2）数理化及计算机科学知识掌握数学、物理学、化学、信息科学等方面的基础知识。
（3）外语知识能够掌握1门外语知识，并达到规定的水平（按各高校学位授予要求）。
专业基础课程
专业基础课程主要指有关学科基础理论、专业基础知识与技能的课程，由数学、物理学、化学等基础性课程和学科大基础课程构成，本标准提供了每个专业人才培养需要掌握的课程设置的基本标准。各高校可根据专业发展方向的不同，在基本知识模块的基础上，扩展或调整课程内容。学分比例不低于25%。
参考课程：高等数学、数理统计、无机及分析化学、有机化学、土壤理化分析、遗传学、植物学、树木学、气象学、植物生物化学、植物生理学、森林生态学、测量学、土壤学、林业遥感与地理信息系统、动物学、微生物学、林学认知实习等。
专业核心课程
专业核心课程是反映学科前沿和区域特色，深化专业知识的课程，分为专业核心必修课程及选修课程。专业核心必修课程应包括5~7门理论课程和相关实验实习课程，设置时应体现专业核心知识、能力和素质要求，学分比例不低于总学分的15%。选修课程应以核心课程为依托进行拓展与延续，按照专业特色与前沿、社会需求等情况，分模块灵活设置。各高校可以自主设置专业选修课程体系。鼓励开发跨学科、跨专业的新兴交叉学科课程。
参考课程：普通昆虫学、植物病理学、森林昆虫学、森林病理学、林业有害生物综合管理、生物防治、化学防治等 。
基础实践环节
包括入学教育及军训、志愿服务与公益劳动、大学生素质拓展计划、形势与政策、社会实践与调查报告等，学分比例不低于总学分的4%。
实验教学环节
各高校应针对专业培养方案中开设的专业基础类和专业类课程，自主设置与之相配套的实验课，使学生在理论的基础上，提高专业技能，更好地理解各种原理和现象，提升学生运用知识的能力，学分比例不低于总学分数的20%。
课程设计环节
课程设计是课程学习向毕业论文（设计）过渡的一个重要实训环节，也是本科生实践性教学的重要内容之一，各高校依据森林保护专业培养目标和专业岗位需求的能力模块来开设，课程设计的开设须体现出“实际、实用、实践”的课程体系，应随行业发展和行业对人才规格的要求适时调整，及时与培养目标相对照。课程设计时间不少于2周。
实习环节
主要包括基础课程与专业课程的课程实习、专业综合实习等类别。课程实习主要针对实践应用性比较强的专业课程安排相关的实习。专业综合实习，主要是综合专业课程的设置和专业的培养目标，设置专业综合性较强的实习。实习环节时间不少于10周。
创新创业训练
包含职业生涯与发展规划、大学生创业实训、大学生科技创新等，各高校可结合自身办学定位、服务面向和创新创业教育目标，有机融合专业教育，开设研究方法、学科前沿、创业基础、就业创业指导等方面的必修课程和选修课程，或以参与或申报校院（系）二级大学生科技创新项目的形式，学分比例不低于总学分的2%。
毕业论文（设计）
毕业论文（设计）是实现培养目标的重要教学环节，是本科教学计划的重要组成部分，是学生在校学习的最后阶段和质量总检查，对全面提高教学质量具有重要意义；同时，毕业论文（设计）的质量也是衡量教学水平，学生毕业与学位资格认证的重要依据，学分比例不低于总学分的4% 。
