国内关于植物区系和植物地理学的研究起步较晚，然而在几代科学工作者的努力下，特别是在吴征镒先生和张宏达先生等带领下，如今我国植物区系地理理论研究已具有世界先进水平。具代表性著作有5中国种子植物属的分布区类型6、5中国植物区系的起源和发展6、5华夏植物区系的起源与发展6、5中国植物志6、5种子植物分布区类型及其起源和分化6等。

现阶段植物区系研究领域最具有代表性的研究是基于植物区系地理学，结合分子生物学的方法对间断分布，特有或其它分布类群进行研究，运用分支系统学,结合地质学和化石资料的证据，探讨其间断、特有等分布格局形成的历史成因。如汤彦承等根据八纲系统提出被子植物原始类群有60科，并以分子系统学提出的狭义的基部类群32科为对比，进行了植物地理学研究，分析显示环太平洋4个地区原始被子植物科的分布格局和被子植物起源地与扩散以及太平洋的形成历史有关；选择若干特殊及重要或孤立类群，运用植物系统学、分类学、形态学、生理生态学、分子生物学、细胞学、地质学及古植物学的方法和手段探索其分布模式,解释全球气候变迁与植物分布模式形成的关系。如孙航等在研究青藏高原隆起对古地中海植物区系演变和发展的作用中，以黄花木属、沙冬青属等类群分布区和地理分布格局的形成，说明旱生的地中海成分随着青藏高原的隆升进一步分化形成了中亚、地中海)西亚)中亚、旧世界温带等成分。

在植物系统发育与演化研究方面则是对某些高级孤立类群和重要特征成分在比较形态学的基础上进行系统学研究，明确其系统位置，进而确定其定向成分,深入论证东亚植物区的起源和与相关植物区系的联系。结合分子生物学，以植物分子地理学和重要科属的系统发育学为主要研究方向，并涉及特殊功能基因的探索和珍稀濒危植物的遗传多样性及保护生物学研究，以及多学科交叉结合研究特殊地区或热点地区地质变化对植物区系形成发展的影响等。同时依托青藏高原和横断山脉等地区研究现代北温带植物区系及部分被子植物起源、进化和新种起源过程、区域植物区系的形成与地质历史重大事件相关性等为研究热点。如陈生云等对青藏高原及邻近地区生长高山草本植物条纹狭蕊龙胆多个居群内个体的叶绿体基因组(cpDNA)非编码片段trnH(GUG)-psbA基因间区序列变异检测,以发现的各种单倍型在高原东南部横断山区分布很集中、遗传多样性也相对较高，且居群间的遗传分化很高，有着显著的亲缘地理学结构，从而推测青藏高原东南部横断山区是该植物第四纪冰期时可能的避难所。