正确的诊断是植物病害防治工作的首要前提。可分为田间诊断和病原物鉴定。

1.田间诊断

即以观察田间植株症状特点为主要依据，确定病害的种类。病害与伤害、虫害不同，具有病变过程。通过诊断，应区分病害属侵染性或非侵染性。非侵染性病害在田间往往成片状发生，且发病地点常与地形、土质或特殊环境有关。而侵染性病害，如患病毒病的植株则周围常有健株,在田间呈分散状态,病株呈畸形、褪绿或花叶；真菌性的病株多腐烂萎蔫，畸形，具坏死斑点、霉状物、粉状物以及黑点或菌核；细菌性的病株多具溃疡、腐烂、坏死和菌脓；寄生性种子植物的为害症状更为明显。

2.病原物鉴定

一些常见病害可通过对宏观症状的快速诊断而得出结论。但由于不同的病原物可导致相同的症状，而相同的病原物也可导致不同的症状，同时植物的种类和环境条件也会影响症状的表现，因此对有些病害需要进行实验室鉴定才能确诊。区分非侵染性与侵染性病害病原的方法可通过显微镜观察病害组织是否有病原物，并观察其内部组织变化；通过人工接种试验观察病害有无传染性；通过分析植物组织和土壤中矿质元素的含量，确定是否属于缺素症（见植物营养诊断）；以及通过人工诱发试验观察是否发病等。

在排除了非侵染性病害的可能后，即可进行侵染性病害病原的鉴定。基本的方法是直接的微观镜检和对病原物进行分离、培养、接种后再进行镜检。

根据不同病原物可采取不同方法：

①真菌病原的鉴定。利用显微镜检，对病原的形态如菌丝、孢子和子实体的形状、大小、结构、颜色进行观察判断。必要时可进行人工诱发试验，即将分离出的菌体接种在同类健株上，观察是否发生相同的病害。

②细菌病原的鉴定。通常是切取小块病组织，置玻片上的水滴中，在显微镜下观察有无大量细菌从组织中流出。细菌种类可根据其形状、大小、鞭毛数、着生部位和染色反应以及培养特征和生理性状等观察判断。

③植物病毒病原的鉴定。主要靠侵染性试验如汁液接种、嫁接试验、昆虫传毒试验等进行诊断。判断病毒种类时，可利用电子显微镜直接观察病毒的形态，同时鉴定病毒的生物学特性，如传播方式、寄主范围、寄主反应、体外保毒期、稀释终点和对温度的反应等。还可将病毒注入动物血液中，根据血清反应鉴定病毒的种类和株系。

④线虫鉴定。剖切虫瘿或膨肿部分，取线虫进行镜检。肉眼观察困难时，可采用漏斗分离法或叶片染色法进行检查。