根据上述职责，区水利局设4个职能股（室）：

（一）办公室

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转和综合协调工作，承担政务信息、政务公开、保密、宣传、政务督查工作。负责机关行政后勤工作。协调水利突发事件的应急管理工作。

负责局机关和直属单位的人事劳资、水利外事、机构编制管理，负责水利系统职工教育和技术培训，负责水利体制改革的有关工作。具体承办局机关党务日常工作。负责局机关和直属单位离退休人员管理服务工作。承担全区水利统计工作。承担全区水利工程移民管理工作。负责水利行业安全生产工作。

拟定全区水利发展规划，组织编制区内流域重大水利综合规划、专业规划和专项规划；提出全区水利固定资产投资规模和方向建议；审核全区中小型水利建设项目建议书、可行性研究报告；按规定权限，负责水利固定资产投资有关项目初步设计文件审批；负责区内水利工程建设项目审查工作；编制全区水利基本建设项目投资计划。

编制区级水利部门预决算。承担区级水利资金和直属单位国有资产的监督管理及内部审计工作，依照有关法律法规负责全区水利规费征收；承担机关财务管理工作，指导直属单位的财务管理工作。提出有关水利价格、收费、信贷的建议。

编制区级水利部门预决算。承担区级水利资金和直属单位国有资产的监督管理及内部审计工作，依照有关法律法规负责全区水利规费征收；承担机关财务管理工作，指导直属单位的财务管理工作。提出有关水利价格、收费、信贷的建议。按规定权限，负责水利固定资产投资有关项目初步设计文件审批；负责区内水利工程建设项目审查工作；编制全区水利基本建设项目投资计划。

（二）水利工程股

提出全区农村水利发展规划及建议。负责大中型灌溉工程建设和管理；指导全区小型节水灌溉、井灌区、集雨灌溉等灌溉工程的建设与管理。编制全区农村饮水安全发展规划；组织实施农村饮水安全工程建设及管理工作。负责小型农村饮水供水工程设计审批工作。指导农村水利社会化服务体系建设，指导全区农村水能资源开发工作。

（三）水保水产股

组织编制水土保持规划并监督实施，承担水土流失综合防治工作。负责开展水土保持监督执法工作。审核中型开发建设项目水土保持方案并监督实施，负责中小型开发建设项目水土保持方案的审批，组织水土流失监测、预报并公告。

研究拟定全区渔业发展规划、技术进步措施。对有关渔业法律、法规实施执法监督；指导全区渔业生产结构和布局调整；指导渔业资源、渔业水域生态环境的保护和管理，并负责水生野生动植管理；行使渔船检验和渔政、渔港监督管理权；组织协调渔业生产、科研、技术推广、水产品质量安全监测工作。负责全区水土流失补偿费和治理费的征收。

（四）水政水资源管理股

负责全区中小型水利工程及跨乡（镇）重点水利工程建设管理与安全生产工作；负责水利基本建设工程建设管理，负责水利建设市场的监督管理。

编制全区水库工程改造规划，指导编制全区河流治理、开发及保护规划；负责中小型水库工程安全运行和建设管理，指导全区水库工程安全运行和建设管理；负责全区河流行洪安全和治理、开发；负责跨乡（镇）河流治理、开发及保护利用。审定入河排污口设置。

负责水利行政许可工作并监督检查。负责水政监察和水行政执法，协调监督渔政执法。协调乡（镇）际重大水事纠纷；承担局机关有关规范性文件的合法性审核工作；承办行政复议、行政应诉、行政赔偿及其它法律事务。负责全区水资源保护工作。指导全区计划用水和节约用水工作。负责征收全区水资源管理费。