根据上述职责，市环境保护局设6个内设机构：
（一）办公室。
组织落实机关各项事务工作；负责后勤服务、财务管理、各项经费会计核算和固定资产管理等工作；负责机关文电、会议、机要和档案管理等日常工作；承担党务、政务、信息、安全、保密、法制、综治、保卫、计划生育、妇女儿童和精神文明等工作；负责市委、市政府召开的有关环保工作和局机关召开的综合性会议的组织协调；负责会议决定事项及领导交办事宜的督查督办和结果反馈；承担重要文件的起草工作；负责组织局机关和所属单位各类会议和活动。负责党风廉政建设责任制落实工作；协助纪检监察机关查处违法违纪案件；监督检查局机关及所属单位工作人员执行国家法律、法规、政策和决定、命令的情况；受理对局机关及所属单位工作人员违反行政纪律的检举、控告；调查处理违反行政纪律的行为，并根据调查结果按照管理权限提出处理意见；负责局机关和所属单位人事管理工作和全市环保干部队伍、人才队伍建设；负责局机关和所属单位的机构编制、人事管理、工资福利、专业技术资格与职务评聘等工作；负责协调辖区内重大环境保护社会活动，参与处理全市涉外环境保护事务。
（二）法规宣教科。
负责建立健全环境保护方面的地方性法规、规章、经济政策等基本制度，拟定全市环境保护综合性方针、政策；拟定全市环境保护立法规划、计划，并组织实施。监督检查各项环境保护政策、法律、法规的执行情况。牵头协调重特大突发环境污染事故和生态破坏事件的应急、预警和有关跨区域环境污染纠纷的调查处理；负责环境保护行政复议、行政赔偿和应诉等工作；指导和监督环境保护依法行政、行政处罚和行政执法解释等工作；负责人大议案、政协提案办理，负责环境信访和公众举报工作；负责全市环境保护法制人员岗位培训、考核和执法证件的管理工作；负责全市环境保护普法工作，组织环境政策、法规调研；参与相关领域环境经济政策的制定；负责市政府环保目标责任书的制定考核管理工作；承担市环境保护委员会办公室的日常工作；负责组织环境保护工作重大新闻发布，协调重要环境新闻的采访报道，审核环境保护重大活动的新闻稿件；负责全市环境保护宣传教育工作，拟订全市环境保护宣传教育计划；负责归口管理社会公众参与方面的环保业务培训，推动社会公众和社会组织参与环境保护；承担环境保护社会表彰推选工作；负责收集、分析环境舆情动态，及时报送相关信息；负责指导、监督、协调全市环境保护综合行政执法工作。
（三）环境影响评价科（行政审批科）。
参与制定、审核经济与社会发展规划和计划、国土整治规划、区域经济开发规划、城市总体规划中的环境保护内容。对重大经济开发计划督促进行环境影响评价；指导监督各县区环保部门做好建设项目环境影响评价文件审批及验收工作；负责城市内环境影响评价机构资质的监督管理，考核监管在全市范围内从事环境影响评价工作的环评机构及从业人员；按权限审查开发建设区域规划、行业规划环境影响评价；负责省环保厅委托和市级建设项目环境影响评价文件及竣工环境保护验收审批；负责拟定全市环境影响评价分级审批规定；负责市管或省上委托市管的全市建设项目执行环保“三同时”制度的监督管理；组织开展建设项目施工和试生产中重大环境污染事故和纠纷的调查处理工作；负责配合相关部门制定淘汰落后生产能力及工艺设备计划，指导城区集中供热规划的编制及监督实施；负责制定全市环评审批“放管服”改革实施方案，并组织实施；负责火电、造纸行业企业、重点行业及产能过剩行业企业排污许可证核发、监督考核工作；督促落实工业企业环境污染责任保险工作任务；指导核与辐射管理单位对电磁辐射、电离辐射、放射性的污染防治实施监督管理；按照权限审批、申报、核准规划内和年度计划规模内固定资产投资项目，并配合相关部门做好组织实施和监督工作； 依法受理、办理本部门按照规定集中纳入市政府政务服务中心的行政审批事项和政务服务事项。
（四）大气环境管理科。
负责拟定全市大气、噪声、光、恶臭、机动车、化石能源、挥发性有机物污染防治有关政策、行政法规、部门规章、制度、规范和方案并监督实施；承担大气、噪声、光、恶臭、机动车、化石能源、挥发性有机物等污染防治和相关环境功能区划等工作；编制大气污染减排规划、年度环保计划并组织实施；负责大气环境管理及污染防治有关制度的建立；组织测算并确定区域大气环境容量，组织开展大气环境承载力评估和大气污染物来源解析工作；配合重大大气污染环境事件的应急和事故调查处理工作；负责清洁生产审核、循环经济试点工作；负责机动车尾气监测机构的监管和资质审核上报工作；负责国家、省大气污染治理项目和资金的申报、争取工作；负责全市大气环境保护项目、能力建设项目、基本建设项目资金的监督管理工作；负责分解落实主要大气指标，牵头考核各县区大气控制目标任务完成情况；负责有关持久性有机污染物（POPS）、消耗臭氧层物质（ODS）等监督管理工作。
（五）水环境管理科。
负责组织拟定和监督实施全市重点流域、重点区域饮用水源地环境保护规划及其它水污染防治专项规划；拟定全市水体污染防治有关政策、行政法规、部门规章、制度、规范和方案并监督实施；监督管理城镇集中式饮用水源地环境保护工作，组织实施水源地评估、考核；编制水污染减排规划、年度环保计划并组织实施；负责全市重大水环境保护项目、能力建设项目、基本建设项目资金的监督管理工作；配合重大水污染环境事件的应急和事故调查处理工作；负责全市环保项目及资金的计划、申报、监督管理等；负责分解落实主要水污染物总量控制和减排任务，检查、督促落实主要水污染物总量控制和减排工作，牵头考核各县区主要水污染物总量控制和减排目标任务完成情况；负责出台全市污染减排规划；负责全市环境统计工作。
（六）生态环境管理科。
负责指导、协调、监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作；组织开展全市生态环境状况评估；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治和珍稀濒危物种进出口管理工作；负责生物多样性保护、生物物种资源（含生物遗传资源）和生物安全管理工作；负责指导生态示范建设；负责土壤环境管理及污染防治有关制度的建立；负责国家和省农村环境综合整治、土壤环境保护项目及资金的申报争取和项目设施设备运行管理的监管工作；负责分解落实主要土壤指标，牵头考核各县区土壤控制目标的完成情况；组织指导城镇环境综合整治和环保模范城市创建；组织参与国家“以奖促治、以奖代补”等涉及农村环境保护项目的预审、实施和监督管理；监督指导和组织开展全市农村土壤污染调查和防治工作；参与指导农村面源污染防治工作；指导、督促各县区按要求完成国家重点生态功能区转移支付绩效评估考评工作，对数据进行审核上报。监督、协调有机食品发展和管理工作。配合重大土壤污染环境事件的应急和事故调查处理工作。负责监督管理一般固体废物及危险废物利用、处置、贮存、经营、转移；组织实施危险固体废物及废弃危险化学品污染防治和监督管理，指导产生单位妥善处置危险固体废物及废弃危险化学品；组织固体废物、危险废物、医疗废物及电子废物的申报登记和信息发布；监督管理城区土地污染防治及固体废物、电子废物、污泥等资源综合利用。
