第十四条 根据水专项实施方案，牵头组织单位组织总体专家组编制主题实施方案，报水专项领导小组批准。

第十五条 牵头组织单位依据水专项实施方案和主题实施方案，组织编制阶段实施计划和年度计划，经水专项领导小组审核后，报三部门综合平衡。

牵头组织单位根据三部门综合平衡意见，组织修改完善阶段实施计划和年度计划，编制水专项预算分配建议方案，报水专项领导小组，并由领导小组组长单位将预算分配建议方案报送财政部，抄送科技部和发展改革委。

第十六条 项目（课题）立项程序包括：项目（课题）实施方案编制、实施方案申请与形式审查、实施方案论证、项目（课题）立项批复与签订任务合同书。

第十七条 项目（课题）实施方案编制。根据水专项实施方案和主题实施方案，牵头组织单位组织省级协调领导小组和主题专家组编制项目实施方案，总体专家组负责技术把关。项目承担单位组织有关单位编制课题实施方案或课题申报指南、标书，主题专家组负责技术把关。涉及重点流域的项目（课题）实施方案编制，由总体专家组和重点流域技术组负责技术把关。

第十八条 项目（课题）实施方案论证申请与形式审查。技术示范类项目（课题）由有关省级协调领导小组提出论证申请；技术研究与技术开发类项目（课题）由有关编制单位提出论证申请，并经主题专家组同意。申请材料报水专项办，经形式审查合格和牵头组织单位同意后，由水专项办组织对项目（课题）实施方案进行论证。

第十九条 项目（课题）实施方案论证。

（一）项目（课题）实施方案论证的重点是项目（课题）研究目标、考核指标和预期成果的科学性和可行性、研究内容和技术路线的合理性和创新性、技术示范的典型性与配套保障条件的落实情况、经费预算的合理性、承担单位和负责人的基础条件和优势、组织实施方式的合理性等方面。

（二）水专项办组织项目（课题）实施方案论证，成立由总体专家组、主题专家组、相关流域治理规划编制组专家和其他技术、财务、管理方面的专家组成的项目（课题）论证委员会。项目（课题）实施方案论证采取论证答辩会的方式进行，必要时与实地调研相结合。

（三）水专项任务落实以保障总体目标的实现为前提，坚持公开、公平的原则，项目（课题）承担单位的遴选采用定向委托、择优委托和招标等方式。对于产品、设备和材料等研制和产业化课题，鼓励企业参与，原则上采用择优委托或招标的方式。

（四）有关单位根据综合论证意见修改项目（课题）实施方案和预算，将修改后的材料报水专项办，由水专项办形成项目（课题）启动和承担单位的建议，经牵头组织单位审核，报水专项领导小组批准。

第二十条 根据三部门综合平衡和水专项领导小组批准结果，水专项领导小组批复水专项项目（课题）立项。

第二十一条 项目（课题）任务合同书的签订。根据项目（课题）立项批复，牵头组织单位与项目（课题）承担单位及相关责任单位签订任务合同书，加盖水专项合同专用章。对于保密项目（课题），由水专项办与项目（课题）承担单位签订保密协议。

（一）项目任务合同书的签订。对于技术示范类项目，牵头组织单位与项目承担单位签订项目任务合同书，相关省级协调领导小组作为项目配套条件保障方；对于技术研究类和技术开发类项目，牵头组织单位与项目承担单位签订项目任务合同书。项目任务合同书也应包括项目承担单位与参与单位签订的项目任务和经费分配协议。

（二）课题任务合同书的签订。对于技术示范类课题，牵头组织单位会同项目承担单位与课题承担单位签订课题任务合同书，相关示范项目（课题）所在政府代表部门作为课题配套条件保障方；对于技术研究类和技术开发类课题，牵头组织单位会同项目承担单位与课题承担单位签订课题任务合同书。课题任务合同书也应包括课题承担单位与参与单位签订的课题任务和经费分配协议。