水利部科技主管司局是工程中心的归口管理机构。主要职责是编制工程中心建设指南，制定相关政策措施，组织评议和审批立项，组织分类管理和考评工作，多渠道争取项目和经费支持工程中心建设。

部相关业务司局负责指导相关专业领域内工程中心的组建、运行和发展，并在项目、经费等方面给予支持。 工程中心由专门设立的工程中心管理委员会（以下简称“管委会”）负责管理。管委会是工程中心的最高决策机构，其成员单位由我部和其他部委的相关司局和单位组成。 管委会的主要职责：（一）确定工程中心的总体规划布局和发展方向。（二）制定和修改工程中心章程，聘任或解聘工程中心主任、副主任。（三）审议工程中心年度工作计划。（四）监督和审查财务预决算。（五）监督考核工程中心的运行管理和年度实际绩效，协调内外关系。依托单位是工程中心建设和运行管理的具体负责单位。主要职责是推荐工程中心主任、副主任，提供后勤保障以及经费等配套条件，解决工程中心建设与运行中的有关问题。 工程中心实行主任负责制，设主任一人，副主任若干人，组成一个高效、精干的领导班子。同时，可聘请部分专业理论水平高、熟悉工程技术研究与开发、工作作风严谨和客观公正的科技专家组成工程中心专家委员会，为工程中心的建设、运行和管理提供决策咨询意见。实行“动态管理”。没有激励和惩罚的机制是无效的机制。工程中心的依托单位要加强对工程中心的管理，每年对工程中心进行年度考核。水利部对工程中心实行动态管理，每两年对工程中心运行情况及绩效进行考评。对考评为优秀的工程中心可推荐申报国家工程中心；对评估成绩差的工程中心，责成限期改进，直至摘牌撤消。通过“动态管理”，使工程中心不断进取，始终保持在国内领先的整体水平。2100433B