中心内设综合处、项目一处、项目二处、推广与产业处 。

综合处

负责 水利科技成果登记、鉴定、知识产权，科技保密管理工作，组织推荐水利行业申报国家奖励；科技计划项目资金拨付与管理、科技计划年度预算编制；中心党务、行政、人力资源、财务、资产、离退休、工会、后勤等工作的综合管理。

项目一处

负责水利部重点科技成果推广计划项目、国家科技成果重点推广计划项目、国家农业科技成果转化资金项目、国家科技型中小企业技术创新基金、国家星火计划项目管理 。

项目二处

负责水利部引进国际先进水利科学技术计划（“948”计划）、现代水利科技创新计划、科技基础性工作专项、国家软科学研究计划、科技基础条件平台建设计划等项目管理 。

推广与产业处

负责 水利科技成果登记、鉴定、知识产权，科技保密等管理工作，承办推荐水利行业国家奖励申报工作；负责水利科技推广政策、规划的编制工作；水利科技推广的行业组织管理和水利科技推广体系建设；承办水利重大技术装备的研制开发工作；承办与科技推广业务有关的科技咨询、产业化开发和技术服务工作。具体承办科技推广示范基地认定、水利先进实用技术重点推广指导目录评审、水利先技实用技术推广证书发放的组织管理工作。