水域生态系统区别于其他生态系的主要特点之一在于水这一环境因子。水的某些特性对生态系统中的其他因子具有重要影响：

①水的密度大于空气

海水的盐度一般高达35,且较稳定;淡水盐度一般变动于0.05～0.5之间;河口水域的盐度变化较大。水生生物除少数广盐性种类能调节体内渗透压而自由往来于淡水、海水之间外，一般只能适应于一定盐度范围的环境，因而有淡水生物和海洋生物之分。

②水的比热较大，导热性能差

因此水温，尤其是大洋水温，比陆地稳定得多。如温带海域全年温度变幅一般为10～15℃，两极和热带海域仅约 5℃。

③光线在水中的穿透力比在空气中小

日光射入水体后衰减较快。特别是在海洋中，只有最上层海水中才有足够的光照保证植物进行光合作用。在某一深度处，光照的强度减弱至植物光合作用生产的有机物质适足以补偿其自身的呼吸作用的消耗，这一深度称为补偿深度。补偿深度以上的水层称为真光带。真光带的深度,在某些透明度较大的热带水域可达200米以上；而在比较混浊的近岸水域,有时仅约数米,是水生动物富集和最活跃的区域。

④水是一种良好的溶剂

不但酸、碱、盐可以溶解于其中，一些有机物也能为水所溶解，从而为水生生物的生长发育提供丰富的营养源。

此外，在江河与湖泊、河川与海洋之间的水的运动，使不同的水体相互联系，构成水域生态系统与陆地生态系统显然不同的特点。特别是大洋环流与水团的结构，更是决定海域状况的动力因素，对生物的分布、组成与数量起重要作用。海洋生态系统由于陆地淡水溶解物质和悬浮物的不断输入，其开放性特点更为显著。