水域生态系统的非生物成分包括生物生活的介质──水体和水底。它规定生物生活于其中的水温、盐度、 水深、水流、光照及其他物理因素，参加物质循环的无机物（碳、氮、磷等）以及联系生物和非生物的有机化合物，如蛋白质、碳水化合物、脂类、腐殖质等。生物成分，按其生活的方式可分为漂浮生物、浮游生物、游泳生物、底栖生物和周丛生物等 5大生态类群。按其生态机能则可分为生产者、消费者、分解者和有机碎屑 4类。
即自养生物，主要指具有叶绿素等光合色素、能进行光合作用形成初级生产力的各类水生生物，包括浮游植物，底栖藻类和水生种子植物。其次是一些能利用光能和化学能的光合细菌和自养细菌。如已发现的海底热泉，有一些动物能从寄生或共生体内的硫化菌获得有机物质和能源，从而构成完全以化学能替代日光能而存在的独特生态系统。
即异养生物，指以其他生物或有机碎屑为食的水生动物。因所处营养级次的位置不同而可划分为初级、二级消费者。初级消费者主要指以浮游植物为食的小型浮游动物及少数以底栖藻类为食的动物，一般体型较小。它们与生产者共同杂居在上层海水中，二者之间的转换效率很高，二者的生物量往往属于同一数量级。这是与陆地生态系很不相同的一个特点。次级消费者指水生肉食性动物，包含较多的营养级次。较低级次者多为大型浮游生物，如一些较大型甲壳动物、箭虫、水母和栉水母等，其中，许多种类往往有昼夜垂直移动性，分布不限于水体上层。较高级次者（如鱼类）具有很强游泳能力，分布于水域各个层次。此外还包括一些杂食性浮游动物（兼食浮游植物和小型浮游动物），它们对初级生产者和初级消费者的数量变动具有某种调节作用。
主要指细菌和真菌。它们把已死生物的各种复杂物质，分解为可供生产者和消费者吸收利用的有机物和无机物，因而在海洋有机和无机营养再生产过程中起着重要作用。同时它们本身也是许多动物的直接食物。
来源于未被完全摄食或消化的食物残余、浮游植物在光合作用的过程中所产生的一部分低分子有机物以及陆地生态系统输入的颗粒性有机物，也作为食物为某些动物所利用。
在水域生态系统中，除了以初级生产者为起点的植食食物链外，还存在以细菌为基础的腐殖食物链和以有机碎屑为起点的碎屑食物链。2100433B
